معلومة

ما هي علامات التسلسل المعبر عنها (EST)؟

ما هي علامات التسلسل المعبر عنها (EST)؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

قرأت في مقال أن ESTs جزئية أو متواليات فرعية لـ cDNA. ما هي EST بالضبط؟ أي جزء من (كدنا) يتم قطعه لصنع ESTs؟ لماذا هم مفيدون جدًا في البحث الجينومي؟


لا يشير السؤال إلى مصدر معلومات الملصق ، ولكنه قد يكون مقالة Wikipedia عن ESTs. أظن أن السبب الذي لا يجيب على السؤال الأول ("ما هي ESTs") هو الارتباك في كيفية إنشاء ESTs من cDNAs المتضمنة في السؤال الثاني "أي جزء من cDNA يتم قطعه ...". لذلك أبدأ بالتعامل مع مصدر اللبس.

التوضيح 1: ليس من الضروري أن يكون التسلسل قد تم تسلسله

مصدر واحد للارتباك يكمن في الكلمة 'تسلسل'. أحد معاني هذا (الاسم فقط) هو "جزء أو منطقة متجاورة خطية محددة من الحمض النووي". عند استخدامها بهذه الطريقة ، لا يوجد ما يدل على أنه حتى طول هذا معروف بدقة ، بغض النظر عن الهوية والترتيب الخطي للنيوكليوتيدات. الاستخدام الثاني لتسلسل الكلمات (الاسم) هو هوية وترتيب النيوكليوتيدات في حمض نووي (خطي) ، مع معنى الفعل المقابل لتحديد ذلك. نظرًا لأنه اليوم رخيص وسريع لتحديد تسلسل جزء من الحمض النووي ، فقد لا يدرك الطالب كم كانت مهمة بطيئة ومكلفة نسبيًا في القرن الماضي. سأستخدم جزء أو منطقة الحمض النووي بدلاً من الاستخدام الأول لـ "التسلسل" في بقية هذه الإجابة.

توضيح 2: هناك [كدنا] ثم هناك استنساخ [كدنا]

يبدو أن المصدر الثاني للارتباك هو مع الحيوانات المستنسخة (كدنا). لا يستخدم السؤال كلمة "clone" ، ولكنه يسأل "أي جزء من cDNA يتم قصه ...". يشير هذا إلى أن الملصق يفكر فيما يتعلق باستنساخ cDNA الفردية التي تم فيها تمييز جزء cDNA المُدرج - تعيين التقييد ، وربما التسلسل وحتى تحديد منتج البروتين. هذا هو النهج المتبع عندما تكون المشكلة العلمية هي تحديد mRNA أو الجين الذي يشفر بروتينًا معينًا - أكتين ، بيتا غلوبين ، إلخ. هذا ليس هو الحال مع ESTs. هنا فإن التوصيف الوحيد الذي يتم إجراؤه على استنساخ (كدنا) هو تسلسل DNA واحد محدد (تاريخيًا بطريقة سانجر) من موضع تمهيدي في ناقل الاستنساخ. هذا لأن التركيز ينصب على إنتاج مكتبة ضخمة من تسلسلات الحمض النووي.

إذن ، ما هي EST وكيف يتم إنشاؤها؟

كبديل للتعريف القياسي ، يمكن للمرء أن يقول:

EST هي تسلسل DNA واحد يتم قراءته من جزء فقط من mRNA. على الرغم من طبيعتها غير المعهودة ، والتكرار المحتمل ، والحجم المحدود (ربما 100-200 نانومتر) واحتمال حدوث أخطاء ، فمن المفيد بالاشتراك مع العديد من الآخرين من نفس الأنسجة كمرجع للجينات التي يتم التعبير عنها في هذا النسيج.

لذا ، للتكرار ، فإن الإجابة على "أي جزء من cDNA يتم قطعه ..." هي "لا شيء". قام أحدهم (على الأرجح) بعزل الحمض النووي الكلي من المؤتلف في لويحات M13 وقام بإجراء تحديد تسلسل واحد من موقع التمهيدي. وكان هذا بسبب عدم معرفة المرء لأي من EST سيكون مفيدًا ، ولكن من المحتمل أن تحتوي مجموعة أو مكتبة من ESTs على بعض ما قد يكون مفيدًا.

الكلمة 'بطاقة شعار' تعبر عن حقيقة أنها تعمل كمقبض أو مرجع للجين أو mRNA ، بدلاً من كونها كاملة في حد ذاتها.

لماذا كانت / كانت تقنيات EST مهمة / مفيدة؟

الكلمات التي استخدمها الملصق في الأصل كانت "لماذا هي مفيدة جدًا في البحث الجينومي؟" ، لكنني أعتقد أن هذا بالتأكيد يبالغ في فائدتها الحالية - إن لم يكن ماضيها - ، لذلك أعدت صياغة السؤال. تم تقديم أمثلة على استخدام ESTs في مقالة Wikipedia المقتبسة بالفعل ، لذلك سأقتبس من Peter Goodfellow ، الذي كتبه في Nature في عام 1995.

3 في المائة فقط من رموز الجينوم البشري للبروتينات ... أهم جزء في الجينوم هو جينات ترميز البروتين وهذا التسلسل سيعطي أكبر عائد للمعلومات البيولوجية ...

بعد أن أشار إلى شكوكه تجاه النهج ، ذكر بإيجاز مسألة تاريخية مهمة:

بالنظر إلى هذه المثبطات ، لماذا تم إنفاق عشرات الملايين من الدولارات على ESTs؟ بعد مرحلة استكشافية قصيرة ... كانت القوة الدافعة الرئيسية هي الأمل والخوف من إمكانية استخدام ESTs للحصول على براءة اختراع لأي جين تم وسمه. أثارت محاولات الحصول على براءات اختراع للجينات عبر ESTs شبح حرب تجارية دولية وما زالت أصداء أصداءها تتردد في جميع أنحاء المحاكم في الولايات المتحدة.

لم يعد ، كما آمل. ثم تحول Goodfellow إلى العلم:

كان من المأمول أن تحدد مشاريع EST واسعة النطاق الحدود العريضة لعدد الجينات وأنواع الجينات في الجينوم وتوفر لقطة لأنماط تعبيرها. كان من المتوقع أيضًا أنه سيتم إنشاء معلومات تسلسل كافية لتكون قادرة على التعرف على أعضاء جدد من عائلات الجينات ذات الأهمية البيولوجية والتجارية.

كودا: أمس واليوم

الطريقة الأكثر استخدامًا حاليًا للتحقيق في التعبير عن الجينات مثل mRNA هي ، بالطبع ، RNAseq ، وهي أسرع وأرخص ، وعلى عكس ESTs ، شاملة.


علامة التسلسل المعبر عنها

ان أعرب علامة التسلسل أو est هو تسلسل فرعي قصير من تسلسل النوكليوتيدات المقسمة المنسوخة (إما ترميز البروتين أو لا). يمكن استخدامها لتحديد نسخ الجينات ، وهي مفيدة في اكتشاف الجينات وتحديد تسلسل الجينات. [1] سار تحديد ESTs بسرعة ، مع ما يقرب من 43 مليون EST متاحة الآن في قواعد البيانات العامة (مثل GenBank 6/2007 ، جميع الأنواع).

يتم إنتاج EST عن طريق تسلسل طلقة واحدة من mRNA المستنسخ (أي تسلسل عدة مئات من الأزواج الأساسية من نهاية نسخة cDNA المأخوذة من مكتبة cDNA). التسلسل الناتج هو جزء منخفض الجودة نسبيًا ويحد طوله بالتكنولوجيا الحالية إلى ما يقرب من 500 إلى 800 نيوكليوتيد. نظرًا لأن هذه الحيوانات المستنسخة تتكون من DNA مكمل لـ mRNA ، فإن ESTs تمثل أجزاء من الجينات المعبر عنها. قد تكون موجودة في قاعدة البيانات إما كتسلسل cDNA / mRNA أو كمكمل عكسي لـ mRNA ، حبلا القالب.

يمكن تعيين ESTs لمواقع كروموسوم محددة باستخدام تقنيات رسم الخرائط المادية ، مثل رسم الخرائط الهجين الإشعاعي أو FISH. بدلاً من ذلك ، إذا تم تسلسل جينوم الكائن الحي الذي نشأ فيه EST ، يمكن للمرء محاذاة تسلسل EST مع هذا الجينوم.

يتضمن الفهم الحالي لمجموعة الجينات البشرية (2006) وجود آلاف الجينات بناءً على أدلة EST فقط. في هذا الصدد ، تصبح ESTs أداة لتحسين النصوص المتوقعة لتلك الجينات ، مما يؤدي إلى التنبؤ بمنتجاتها البروتينية ، وفي النهاية بوظيفتها. علاوة على ذلك ، فإن الحالة التي يتم فيها الحصول على تلك الـ EST (الأنسجة ، العضو ، الحالة المرضية - مثل السرطان) تعطي معلومات عن الظروف التي يعمل فيها الجين المقابل. تحتوي ESTs على معلومات كافية للسماح بتصميم مجسات دقيقة لمصفوفات الحمض النووي الدقيقة التي يمكن استخدامها بعد ذلك لتحديد التعبير الجيني.

يستخدم بعض المؤلفين المصطلح "EST" لوصف الجينات التي لا يوجد عنها سوى القليل من المعلومات أو لا توجد معلومات إضافية إلى جانب العلامة. [2]

تمت مراجعة نظرة عامة على أهمية ESTs وخصائصها وطرق تحليل مجموعة بيانات EST وتطبيقاتها في مجالات مختلفة من علم الأحياء في هذه المقالة. [3]

معرفة إضافية موصى بها

ما هي حساسية رصيدي؟

أداء وزن أفضل في 6 خطوات سهلة

التحقق من الرصيد المرئي اليومي


ما هي علامات التسلسل المعبر عنها (EST)؟ - مادة الاحياء

ان أعرب علامة التسلسل أو EST هي اختصار قصيرتسلسل من نسخ [كدنا] تسلسل . يمكن استخدامها لتحديد نسخ الجينات ، وهي مفيدة في اكتشاف الجينات والجينات تسلسل عزم. تم تحديد ESTs بسرعة ، مع.
المقال كامل >>>

ال أعربت تسلسل العلامات تحتوي قاعدة البيانات تسلسل البيانات والمعلومات الأخرى عن تسلسل (كدنا) أحادي التمرير وهو قسم من GenBank.
المقال كامل >>>

ان أعربت تسلسل بطاقة شعار هو جزء صغير من الجين بأكمله يمكن استخدامه. تقنية مستخدمة لتوليد ما يسمى أعربت تسلسل العلاماتأو ESTs. .
المقال كامل >>>

أعربت تسلسل بطاقة شعار ان أعربت تسلسل بطاقة شعار أو EST هي اختصار قصيرتسلسل من نسخ [كدنا] تسلسل [1]. التسلسل: أعربت تسلسل العلامات و .
المقال كامل >>>

قاموس طبي على الإنترنت ومسرد مع تعاريف طبية. EST (أعربت تسلسل بطاقة شعار): امتداد فريد للحمض النووي داخل منطقة ترميز.
المقال كامل >>>

حتى عندما يكتمل تسلسل من المعروف أن الجينوم يكون صعبًا في كثير من الأحيان. أعربت تسلسل العلامات (ESTs). الجينوم للعثور على المطابقة تسلسل. .
المقال كامل >>>

. طريقة آلية جزئيا للتعدين أعربت تسلسل بطاقة شعار (EST) بيانات الجينات. تحليل Green P. أعربت تسلسل العلامات يشير إلى 35000 إنسان.
المقال كامل >>>

التسوق عبر الإنترنت على DirectTextBook.com - وفر حتى 80٪ ، اشتري أو استأجر. كتب جديدة ومستعملة مثل أعربت تسلسل العلامات طرق توليد وتحليل ESTs في الجزيئية.
المقال كامل >>>

. السواتل الدقيقة ، الينقولات ، النيوكلوتايد ، أعربت تسلسل بطاقة شعار التسلسل والتنميط الجيني. إلى تسلسل بتات من الحمض النووي التي تمثل الجينات أعربت في .
المقال كامل >>>

أعربت تسلسل بطاقة شعار ملخص مع 6 صفحات من إدخالات الموسوعة والمقالات والملخصات ومعلومات البحث والمزيد. . من أعربت تسلسل العلامات ل .
المقال كامل >>>

أعربت تسلسل بطاقة شعار المشاريع. مجموعات BDGP EST المرسلة. مشروع CK EST. ثم تم تجميع هذه ESTs بواسطة تسلسل التشابه من أجل اختيار.
المقال كامل >>>

EST تعني أعربت تسلسل بطاقة شعار. . أطول من ذلك بكثير ، لذلك هذا تسلسل هو فقط بطاقة شعار ل [كدنا] (وبدء مرنا).
المقال كامل >>>

1996: 280,000 أعربت تسلسل العلامات (ESTs). كيف قاموا بتوليد وتحليل 280،000 أعربت تسلسل العلامات (أو ESTs).
المقال كامل >>>

أعربت,تسلسل,بطاقة شعار، biologi cal، biology Dictionary، biology terms، biology terms، biology shortcutiations. أعربت تسلسل العلامات (ESTs).
المقال كامل >>>

التسوق عبر الإنترنت على SpotCost.com - كتب جديدة ومستعملة مثل أعربت تسلسل العلامات طرق توليد وتحليل ESTs في البيولوجيا الجزيئية الطبعة الثانية من هيومانا.
المقال كامل >>>

أعربت تسلسل بطاقة شعار مجموعة العلاج والتحقيق هي أداة مخصصة ل. آر إن ، سوزا إم تي. الابن. تحليل أعربت تسلسل العلامات من Musa acuminata ssp. .
المقال كامل >>>

خصية الخنزير أعربت تسلسل العلامات قاعدة بيانات (PtEST) هي مجموعة من EST. منظمة في قواعد بيانات الموضوع هذه: Expession تسلسل بطاقة شعار (EST) قاعدة البيانات.
المقال كامل >>>

مقالة موسوعة بريتانيكا على الإنترنت على أعربت تسلسل بطاقة شعار (الكيمياء الحيوية) ، أثناء وجوده في المعاهد الوطنية للصحة ، أصيب فنتر بالإحباط من الأساليب التقليدية للجينات.
المقال كامل >>>

أعربت تسلسل بطاقة شعار تحليل Dinoflagellate Lingulodinium polyedrum خلال المرحلة المظلمة¶ من الكيمياء الضوئية والبيولوجيا الضوئية المقدمة من البحث عن المقالات في BNET
المقال كامل >>>

أعربت تسلسل العلامات، أو ESTs ، هي نوع من المواقع المتسلسلة بطاقة شعار (STS): قطعة من الحمض النووي. من exons - الزوج الأساسي تسلسل هذا هو أعربت- من الجين. .
المقال كامل >>>


أعرب علامة التسلسل

علامة التسلسل المعبر عنها (est) تسلسل جزئي قصير ، عادةً بطول 200 & # x2013400 bp ، لاستنساخ DNA (cDNA) التكميلي. نظرًا لأن cDNAs يتم تحضيرها عن طريق النسخ العكسي لجزيئات RNA الرسول ، فإن ESTs تعمل كعلامات للجينات التي يتم التعبير عنها في أنسجة أو أعضاء معينة. يتم الاحتفاظ ببيانات تسلسل EST في قواعد البيانات ، ويستخدم الباحثون برامج الكمبيوتر للبحث عن التسلسلات التي تتوافق ، على سبيل المثال ، مع تسلسل الأحماض الأمينية الجزئية لبروتين قيد التحقيق. يمكن بعد ذلك استخدام تسلسل EST لإنشاء مسبار الحمض النووي لتحديد الاستنساخ المعني من مكتبة الحمض النووي.

استشهد بهذا المقال
اختر نمطًا أدناه ، وانسخ نص قائمة المراجع الخاصة بك.

أنماط الاقتباس

يمنحك موقع Encyclopedia.com القدرة على الاستشهاد بإدخالات مرجعية ومقالات وفقًا للأنماط الشائعة من جمعية اللغة الحديثة (MLA) ودليل شيكاغو للأسلوب والجمعية الأمريكية لعلم النفس (APA).

ضمن أداة "Cite this article" ، اختر نمطًا لترى كيف تبدو جميع المعلومات المتاحة عند تنسيقها وفقًا لهذا النمط. ثم انسخ النص والصقه في قائمة المراجع أو قائمة الأعمال المقتبس منها.


أعرب علامة التسلسل

الخرائط المادية والتكامل مع الخرائط الجينية

  • تعرض الخرائط المادية المسافة المادية بين الجينات ويمكن بناؤها باستخدام الوراثة الخلوية أو الهجين الإشعاعي أو تسلسل رسم الخرائط.
  • هناك ثلاث طرق مستخدمة لإنشاء خريطة مادية: رسم الخرائط الوراثية الخلوية ، ورسم الخرائط الهجينة للإشعاع ، و تسلسل رسم الخرائط.
  • تسلسل رسم الخرائط نتجت عن الحمض النووي التسلسل التكنولوجيا التي سمحت بإنشاء خرائط مادية مفصلة مع قياس المسافات من حيث عدد الأزواج الأساسية.
  • موقع جيني يستخدم لإنشاء خريطة مادية باستخدام التسلسل التكنولوجيا (أ تسلسل-الموسومة موقع أو STS) فريد من نوعه تسلسل في الجينوم مع موقع دقيق معروف للكروموسومات.
  • ان أعربتتسلسلبطاقة شعار (EST) واحد تسلسل تعدد الأشكال الطول (SSLP) هي STSs الشائعة.

تقنيات تسلسل الحمض النووي

  • نظرًا لأن كل جزء بحجم مختلف يخرج من العمود الشعري ، فإن الليزر يثير الفلوس بطاقة شعار على النيوكليوتيدات الطرفية.
  • كل التسلسل التفاعل هو تفاعل نسخ معدَّل يتضمن -الموسومة النيوكليوتيدات ، ولكن ليست هناك حاجة إلى نيوكليوتيدات ديديوكسي منتهية بالسلسلة.
  • سانجر تسلسل يمكن أن تنتج فقط عدة مئات من النيوكليوتيدات من تسلسل لكل رد فعل.
  • معظم الجيل القادم التسلسل التقنيات تولد حتى كتل أصغر من تسلسل.
  • تم إنهاء أصغر الأجزاء في أقرب وقت ، وتخرج من العمود أولاً ، وبالتالي فإن الترتيب الذي يتم به الفلورسنت المختلف العلامات الخروج من العمود هو أيضا تسلسل من الخيط.

التحكم اللاجيني: تنظيم الوصول إلى الجينات داخل الكروموسوم

  • هؤلاء العلامات ليست دائمة ، ولكن يمكن إضافتها أو إزالتها حسب الحاجة.
  • ال العلامات لا تغير قاعدة الحمض النووي تسلسل، لكنهم يغيرون مدى إحكام جرح الحمض النووي حول بروتينات الهيستون.
  • يتم توريث هذه التغييرات في الحمض النووي من الأبوين إلى النسل ، بحيث يكون ذلك أثناء الحمض النووي تسلسل لم يتغير ، نمط الجين التعبير ينتقل إلى الجيل القادم.
  • يمكن لعوامل النسخ الارتباط ، مما يسمح للجين التعبير ليحدث.
  • تؤثر التعديلات على تباعد الجينات والجينات التعبير.

استخدامات تسلسل الجينوم

  • الجينوم التسلسلات و التعبير يمكن تحليلها باستخدام المصفوفات الدقيقة للحمض النووي ، والتي يمكن أن تسهم في الكشف عن الأمراض والاضطرابات الوراثية.
  • المصفوفات الدقيقة للحمض النووي هي طرق تستخدم للكشف عن الجينات التعبير من خلال تحليل مجموعة من شظايا الحمض النووي التي يتم تثبيتها على شريحة زجاجية أو شريحة سيليكون لتحديد الجينات النشطة وتحديد التسلسلات .
  • بالرغم من دراسة التطبيقات الطبية للجينوم التسلسل أمر مثير للاهتمام ، هذا التخصص يميل إلى التركيز على وظيفة الجينات غير الطبيعية.
  • يبدو رائعًا أن نحصل على كل المعرفة التي يمكن أن نحصل عليها من الجينوم الكامل التسلسل ومع ذلك ، يتحمل البشر مسؤولية استخدام هذه المعرفة بحكمة.
  • يمكن استخدام المصفوفات الدقيقة للحمض النووي لتحليل الجينات التعبير داخل الجينوم.

تنظيم نشاط البروتين وطول العمر

  • يمكن أن تغير هذه التغييرات وظيفة البروتين ، وإمكانية الوصول إلى الوراثة اللاجينية ، والنسخ ، واستقرار mRNA ، أو الترجمة ، وكل ذلك يؤدي إلى تغييرات في التعبير من جينات مختلفة.
  • طريقة واحدة للسيطرة على الجينات التعبير هو تغيير طول عمر البروتين: الانتشار يقصر من عمر البروتين.
  • البروتينات مع يوبيكويتين العلامات تم وضع علامة على التدهور داخل البروتياز.

مشغل trp: مشغل القامع

  • ومع ذلك ، عندما يكون توافر التربتوفان منخفضًا ، يتم تشغيل المفتاح الذي يتحكم في الأوبون ، ويبدأ النسخ ، وتكون الجينات أعربت، ويتم تصنيع التربتوفان.
  • الحمض النووي تسلسل يشار إلى أن رموز البروتينات تسمى منطقة الترميز.
  • المروج تسلسل هو المنبع من موقع بدء النسخ.
  • الحمض النووي تسلسل دعا المشغل تسلسل بين منطقة المروج وأول جين trp-coding.
  • اشرح العلاقة بين بنية ووظيفة المشغل والطرق التي تنظم بها المثبطات الجين التعبير

معززات النسخ والمثبطات

  • مناطق المحسن ملزمة التسلسلات، أو المواقع ، لعوامل النسخ.
  • لذلك ، نيوكليوتيد تسلسل يمكن لآلاف النيوكليوتيدات البعيدة أن تنثني وتتفاعل مع محفز معين.
  • Corepressor هو بروتين يقلل الجين التعبير من خلال الارتباط بعامل نسخ يحتوي على مجال ربط الحمض النووي.
  • المحسن هو DNA تسلسل الذي يشجع على النسخ.
  • كل مُحسِّن يتكون من DNA قصير التسلسلات تسمى عناصر التحكم البعيدة.

معالجة مرنا

  • بينما لا يزال RNA Polymerase II ينسخ النهاية الصحيحة للجين في اتجاه مجرى النهر ، يتم شق ما قبل mRNA بواسطة مركب بروتين يحتوي على نوكلياز داخلي بين إجماع AAUAAA تسلسل و GU الغنية تسلسل.
  • تتكون جينات حقيقيات النوى من exons ، والتي تتوافق مع ترميز البروتين التسلسلات (ex-on يدل على أنهم كذلك أعربت) والتدخل التسلسلات تسمى الإنترونات (تشير int-ron إلى دورها التدخلي) ، والتي قد تشارك في تنظيم الجينات ، ولكن يتم إزالتها من pre-mRNA أثناء المعالجة.
  • انترون التسلسلات في mRNA لا تقوم بتشفير البروتينات الوظيفية.
  • من الممكن أن تبطئ الإنترونات الجين التعبير لأنه يستغرق وقتًا أطول لنسخ pre-mRNAs مع الكثير من الإنترونات.
  • يتم إجراء هذا الانقسام بواسطة مركب بروتيني يحتوي على نوكلياز يرتبط بـ AAUAAA تسلسل المنبع من موقع الانقسام وإلى GU الغنية تسلسل المصب من موقع القطع.

عملية وهدف تنظيم التعبير الجيني

  • في حين أن كل خلية تشترك في نفس الجينوم والحمض النووي تسلسل، لا يتم تشغيل كل خلية ، أو التعبير، نفس مجموعة الجينات.
  • لذلك ، فقط مجموعة فرعية صغيرة من البروتينات أعربت في الخلية التي تشكل بروتينها.
  • البروتينات المتخصصة التي تتكون منها العين (القزحية ، العدسة ، القرنية) هي فقط أعربت في العين ، بينما البروتينات المتخصصة في القلب (خلايا جهاز تنظيم ضربات القلب ، وعضلة القلب ، والصمامات) هي فقط أعربت في القلب.
  • هذا التعقيد يضمن الصحيح التعبير في الزنزانة المناسبة في الوقت المناسب.
  • في هذا القسم ، ستتعرف على الطرق المختلفة لتنظيم الجينات والآليات المستخدمة للتحكم في الجينات التعبير، مثل: الضوابط فوق الجينية ، والنسخية ، وما بعد النسخ ، والترجمة ، وما بعد الترجمة في الجين حقيقي النواة التعبير، والتحكم النسخي في الجين بدائية النواة التعبير.

العقيدة المركزية: يشفر الحمض النووي RNA و RNA البروتين

  • يُستخدم كود الإيقاف UGA أحيانًا لتشفير الحمض الأميني الحادي والعشرين المسمى selenocysteine ​​(Sec) ، ولكن فقط إذا كان mRNA يحتوي أيضًا على عنصر محدد تسلسل من النيوكليوتيدات تسمى إدخال سيلينوسيستين تسلسل (SECIS).
  • تنص على أن الجينات تحدد تسلسل من جزيئات الرنا المرسال ، والتي بدورها تحدد تسلسل من البروتينات.
  • النسخ هو عملية إنشاء نسخة تكميلية من الحمض النووي الريبي من ملف تسلسل من الحمض النووي.
  • النسخ هو الخطوة الأولى في الجين التعبير.
  • يؤدي نقل RNA أو tRNA إلى ترجمة ملف تسلسل من الكودونات على حبلا مرنا.
المواضيع
  • محاسبة
  • الجبر
  • تاريخ الفن
  • مادة الاحياء
  • عمل
  • حساب التفاضل والتكامل
  • كيمياء
  • مجال الاتصالات
  • اقتصاديات
  • تمويل
  • إدارة
  • تسويق
  • علم الاحياء المجهري
  • الفيزياء
  • علم وظائف الأعضاء
  • العلوم السياسية
  • علم النفس
  • علم الاجتماع
  • إحصائيات
  • تاريخ الولايات المتحدة
  • تاريخ العالم
  • كتابة

باستثناء ما هو مذكور ، المحتوى ومساهمات المستخدم على هذا الموقع مرخصة بموجب CC BY-SA 4.0 مع الإسناد المطلوبة.


مصادر البيانات والشروح

DbEST

dbEST هو قسم من Genbank تم تأسيسه في عام 1992. أما بالنسبة لـ GenBank ، فإن البيانات الموجودة في dbEST يتم تقديمها مباشرة من قبل المختبرات في جميع أنحاء العالم ولا يتم تنسيقها.

Contigs EST

بسبب الطريقة التي يتم بها تسلسل ESTs ، غالبًا ما تكون العديد من علامات التسلسل المعبر عنها عبارة عن تسلسلات جزئية تتوافق مع نفس مرنا للكائن الحي. في محاولة لتقليل عدد علامات التسلسل المعبر عنها لتحليلات اكتشاف الجينات النهائية ، قامت عدة مجموعات بتجميع علامات التسلسل المعبر عنها في contigs EST. أمثلة على الموارد التي توفر contigs EST تشمل:

بناء contigs EST ليس تافهًا وقد ينتج عنه قطع أثرية (contigs التي تحتوي على منتجين جيني مختلفين). عندما يتوفر تسلسل الجينوم الكامل لكائن حي ويتم شرح النصوص ، فمن الممكن تجاوز التجميع المتواصل ومطابقة النصوص مباشرةً مع EST. يستخدم هذا النهج في نظام TissueInfo (انظر أدناه) ويسهل ربط التعليقات التوضيحية في قاعدة البيانات الجينومية بمعلومات الأنسجة التي توفرها بيانات EST.


الملخص

لقد طورنا طريقة بحث شاملة لقاعدة بيانات علامات التسلسل المعبر عنها واستخدمناها لتحديد أعضاء جدد من عائلة مستقبلات G- البروتين المقترنة. أثبت نهجنا أنه مفيد بشكل خاص للكشف عن تسلسلات علامات التسلسل المعبر عنها التي لا تشفر الأجزاء المحفوظة من البروتين ، مما يجعلها أداة مثالية لتحديد أعضاء عائلات البروتين المتباينة أو أجزاء البروتين دون هياكل المجال المحفوظة في المعبر عنها. قاعدة بيانات علامة التسلسل. ما لا يقل عن 14 من علامات التسلسل المعبر عنها الموجودة مع هذه الإستراتيجية هي مرشحة واعدة لمستقبلات مقترنة جديدة ببروتين G. هنا ، نصف تحليل التسلسل والتعبير لخمسة أعضاء جدد من هذه العائلة الفائقة للمستقبل ، وهي GPR84 و GPR86 و GPR87 و GPR90 و GPR91. درسنا أيضًا التركيب الجيني والتوطين الكروموسومي للجينات المطبقة في السيليكو أساليب. تم العثور على مجموعة من ستة مستقبلات مرتبطة ارتباطًا وثيقًا ببروتين G على الكروموسوم البشري 3q24-3q25. وهو يتألف من أربعة مستقبلات يتيمة (GPR86 و GPR87 و GPR91 و H963) ، ومستقبل البيورينرجيك P2Y1 ، ومستقبلات اليوريدين 5′-diphosphoglucose KIAA0001. يبدو من المحتمل أن هذه المستقبلات تطورت من سلف مشترك وبالتالي قد يكون لها روابط مرتبطة. في الختام ، نصف إجراء التنقيب عن البيانات الذي ثبت أنه مفيد في تحديد الجينات الجديدة وتوصيفها لأول مرة وقابل للتطبيق بشكل جيد على عائلات الجينات الأخرى.


ما هي علامات التسلسل المعبر عنها (EST)؟ - مادة الاحياء

ESTs: أصبح اكتشاف الجينات أسهل

يعمل المحققون بجد لتسلسل وتجميع جينومات الكائنات الحية المختلفة ، بما في ذلك الفأر والبشر ، لعدد من الأسباب المهمة. على الرغم من أن الأهداف المهمة لأي مشروع تسلسل قد تكون الحصول على تسلسل جينومي وتحديد مجموعة كاملة من الجينات ، فإن الهدف النهائي هو اكتساب فهم متى وأين وكيف يتم تشغيل الجين ، وهي عملية يشار إليها عادة باسم التعبير الجيني. بمجرد أن نبدأ في فهم مكان وكيفية التعبير عن الجين في الظروف العادية ، يمكننا بعد ذلك دراسة ما يحدث في حالة متغيرة ، مثل المرض. لتحقيق الهدف الأخير ، يجب على الباحثين تحديد ودراسة البروتين ، أو البروتينات ، التي تم ترميزها بواسطة الجين.

كما يمكن للمرء أن يتخيل ، فإن العثور على جين يرمز لبروتين أو بروتينات ليس بالأمر السهل. تقليديًا ، يبدأ العلماء بحثهم عن طريق تحديد مشكلة بيولوجية وتطوير استراتيجية للبحث في المشكلة. في كثير من الأحيان ، قدم البحث في الأدبيات العلمية أدلة مختلفة حول كيفية المضي قدمًا. على سبيل المثال ، قد تكون مختبرات أخرى قد نشرت بيانات أثبتت وجود صلة بين بروتين معين ومرض مهم. سيعمل الباحثون بعد ذلك على عزل هذا البروتين ، وتحديد وظيفته ، وتحديد الجين المشفر للبروتين. بدلاً من ذلك ، يمكن للعلماء إجراء ما يشار إليه باسم دراسات الربط لتحديد موقع الكروموسومات لجين معين. بمجرد تحديد موقع الكروموسومات ، سيستخدم العلماء الطرق البيوكيميائية لعزل الجين والبروتين المقابل له. في كلتا الحالتين ، استغرقت هذه الأساليب وقتًا طويلاً - سنوات في بعض الحالات - وأسفرت عن تحديد موقع ووصف نسبة صغيرة فقط من الجينات الموجودة في الجينوم البشري.

الآن ، ومع ذلك ، فإن الوقت اللازم لتحديد موقع الجين ووصفه بشكل كامل يتناقص بسرعة ، وذلك بفضل تطوير تقنية مستخدمة لتوليد ما يسمى معبر عن تسلسل العلامات، أو ESTs. توفر ESTs للباحثين طريقًا سريعًا وغير مكلف لاكتشاف جينات جديدة ، للحصول على بيانات حول التعبير الجيني وتنظيمه ، ولإنشاء خرائط الجينوم. اليوم ، يجد الباحثون الذين يستخدمون ESTs لدراسة الجينوم البشري أنفسهم يركبون قمة موجة من الاكتشافات العلمية التي لم يسبق لها مثيل من قبل.

ما هي ESTs وكيف يتم صنعها؟

هاكسبرسيد سمعادلة تيags عبارة عن قطع صغيرة من تسلسل الحمض النووي (عادة ما يتراوح طولها بين 200 و 500 نيوكليوتيد) يتم إنشاؤها عن طريق تسلسل أحد طرفي الجين المعبر عنه أو كلاهما. الفكرة هي تسلسل أجزاء من الحمض النووي التي تمثل الجينات المعبر عنها في خلايا أو أنسجة أو أعضاء معينة من كائنات مختلفة واستخدامها "العلامات"لصيد الجين من جزء من الحمض النووي للكروموسومات عن طريق مطابقة أزواج القواعد. ويختلف التحدي المرتبط بتحديد الجينات من التسلسل الجيني باختلاف الكائنات الحية ويعتمد على حجم الجينوم بالإضافة إلى وجود أو عدم وجود الإنترونات- تسلسل الحمض النووي المتداخل يقطع تسلسل تشفير البروتين للجين.

فصل القمح عن القشر: استخدام mRNA لتوليد cDNA

يعد تحديد الجينات صعبًا جدًا عند البشر ، حيث أن معظم الجينوم الخاص بنا يتكون من إنترونات تتخللها عدد قليل نسبيًا من تسلسلات ترميز الحمض النووي أو الجينات. يتم التعبير عن هذه الجينات كبروتينات ، وهي عملية معقدة تتكون من خطوتين رئيسيتين. أولاً ، يجب تحويل كل جين (DNA) ، أو نسخت، إلى رسول RNA (مرنا) - الحمض النووي الريبي الذي يعمل كنموذج لتخليق البروتين. ثم يوجه mRNA الناتج عملية تخليق البروتين من خلال عملية تسمى ترجمة. ومن المثير للاهتمام أن mRNAs في الخلية لا تحتوي على تسلسلات من المناطق الواقعة بين الجينات ، ولا من الإنترونات غير المشفرة الموجودة داخل العديد من الجينات. لذلك ، فإن عزل mRNA هو مفتاح العثور على الجينات المعبر عنها في الامتداد الشاسع للجينوم البشري.

الشكل 1. لمحة عامة عن عملية تخليق البروتين.
--------------------------------------------------------------------------------
تخليق البروتين هو العملية التي يتم بموجبها ترميز الحمض النووي لإنتاج الأحماض الأمينية والبروتينات. تنقسم العملية إلى جزأين: النسخ والترجمة. أثناء النسخ ، يتم استخدام خيط واحد من الحلزون المزدوج للحمض النووي كقالب بواسطة بوليميراز الرنا المرسال لتخليق مرنا. خلال هذه الخطوة ، يمر mRNA عبر مراحل مختلفة ، بما في ذلك مرحلة تسمى الربط ، حيث يتم التخلص من التسلسلات غير المشفرة. في الخطوة التالية ، الترجمة ، يوجه الرنا المرسال تخليق البروتين عن طريق إضافة الأحماض الأمينية - واحدًا تلو الآخر - وفقًا لما يمليه الحمض النووي ويمثله الرنا المرسال.
--------------------------------------------------------------------------------

ومع ذلك ، تكمن المشكلة في أن mRNA غير مستقر للغاية خارج الخلية ، لذلك يستخدم العلماء إنزيمات خاصة لتحويلها إلى cDNA ، أو الحمض النووي التكميلي. cDNA هو مركب أكثر استقرارًا ، والأهم من ذلك ، لأنه تم إنشاؤه من mRNA حيث تمت إزالة الإنترونات ، يمثل cDNA تسلسل DNA المعبر عنه فقط.

بمجرد عزل cDNA الذي يمثل الجين المعبر عنه ، يمكن للعلماء بعد ذلك تسلسل بضع مئات من النيوكليوتيدات من أي من طرفي الجزيء لإنشاء نوعين مختلفين من ESTs. ينتج عن تسلسل الجزء الأول فقط من (كدنا) ما يسمى ب 5 'EST. 5 'EST ، والتي يتم الحصول عليها من جزء من النص الذي عادة ما يرمز للبروتين. تميل هذه المناطق إلى أن يتم حفظها عبر الأنواع ولا تتغير كثيرًا داخل نطاق عائلة الجينات. ينتج عن تسلسل الجزء الأخير من جزيء (كدنا) ما يسمى أ 3 'EST. نظرًا لأن هذه ESTs يتم إنشاؤها من النهاية 3 من النص ، فمن المحتمل أن تقع ضمن عدم الترميز ، أو المناطق غير المترجمة (UTR)، وبالتالي تميل إلى إظهار الحفاظ على الأنواع المتقاطعة أقل من تسلسل الترميز.

الشكل 2. نظرة عامة على كيفية إنشاء علامات التسلسل المعبر عنها.
--------------------------------------------------------------------------------
يتم إنشاء ESTs عن طريق تسلسل cDNA ، والذي يتم تصنيعه من جزيئات mRNA في الخلية. إن الرنا المرسال في الخلية عبارة عن نسخ من الجينات التي يتم التعبير عنها. لا يحتوي mRNA على تسلسلات من المناطق بين الجينات ، ولا من الإنترونات غير المشفرة الموجودة في العديد من الأجزاء المثيرة للاهتمام من الجينوم.
--------------------------------------------------------------------------------

ESTs: أدوات لرسم خرائط الجينات واكتشافها

تمامًا كما قد يحتاج الشخص الذي يقود سيارة إلى خريطة للعثور على وجهة ، يحتاج العلماء الذين يبحثون عن الجينات أيضًا خرائط الجينوم لمساعدتهم على التنقل عبر مليارات النيوكليوتيدات التي تشكل الجينوم البشري. لجعل الخريطة منطقية للملاحة ، يجب أن تتضمن معالم موثوقة أو "محددات". حاليًا ، تعتمد أقوى تقنية لرسم الخرائط ، والتي تم استخدامها لإنشاء العديد من خرائط الجينوم ، على رسم خرائط STS. الموقع الموسوم بالتسلسل (STS) هو تسلسل قصير للحمض النووي يمكن التعرف عليه بسهولة ويحدث مرة واحدة فقط في الجينوم (أو الكروموسوم). تعمل الـ 3 'ESTs كمصدر مشترك لـ STSs نظرًا لاحتمالية كونها فريدة بالنسبة لنوع معين ، وتوفر ميزة إضافية للإشارة مباشرة إلى الجين المعبر عنه.

ESTs كموارد اكتشاف الجينات

نظرًا لأن ESTs تمثل نسخة من الجزء المثير للاهتمام فقط من الجينوم - ذلك الذي يتم التعبير عنه ، فقد أثبتوا أنفسهم مرارًا وتكرارًا كأدوات قوية في البحث عن الجينات المتورطة في الأمراض الوراثية. تمتلك ESTs أيضًا عددًا من المزايا العملية من حيث أنه يمكن إنشاء تسلسلها بسرعة وبتكلفة زهيدة ، هناك حاجة إلى تجربة تسلسل واحدة فقط لكل cDNA يتم إنشاؤها ولا يتعين فحصها بحثًا عن أخطاء التسلسل لأن الأخطاء لا تمنع تحديد الجين الذي منه تم اشتقاق EST.

للعثور على جين مرض باستخدام هذا النهج ، يستخدم العلماء أولاً أدلة بيولوجية يمكن ملاحظتها لتحديد ESTs التي قد تتوافق مع الجينات المرشحة للمرض. ثم يقوم العلماء بفحص الحمض النووي لمرضى المرض بحثًا عن طفرات في واحد أو أكثر من هذه الجينات المرشحة لتأكيد هوية الجينات. باستخدام هذه الطريقة ، قام العلماء بالفعل بعزل الجينات المرتبطة بمرض الزهايمر وسرطان القولون والعديد من الأمراض الأخرى. لذلك من السهل معرفة سبب قيام ESTs بتمهيد الطريق لآفاق جديدة في البحث الجيني.

نظرًا لفائدتها ، والسرعة التي يمكن إنشاؤها بها ، والتكلفة المنخفضة المرتبطة بهذه التكنولوجيا ، فقد قام العديد من العلماء الأفراد وكذلك مراكز تسلسل الجينوم الكبيرة بتوليد مئات الآلاف من ESTs للاستخدام العام. بمجرد إنشاء EST ، كان العلماء يرسلون علاماتهم إلى GenBank ، قاعدة بيانات تسلسل المعاهد الوطنية للصحة التي تديرها NCBI. مع التقديم السريع للعديد من ESTs ، أصبح من الصعب تحديد التسلسل الذي تم إيداعه بالفعل في قاعدة البيانات. أصبح من الواضح بشكل متزايد لمحققي NCBI أنه إذا كان من السهل الوصول إلى ESTs ومفيدة كأدوات اكتشاف الجينات ، فيجب تنظيمها في قاعدة بيانات قابلة للبحث توفر أيضًا الوصول إلى بيانات الجينوم الأخرى. لذلك ، في عام 1992 ، طور العلماء في NCBI قاعدة بيانات جديدة مصممة لتكون بمثابة نقطة تجميع لـ ESTs. بمجرد فحص EST التي تم تقديمها إلى GenBank والتعليق عليها ، تم إيداعها بعد ذلك في قاعدة البيانات الجديدة هذه ، والتي تسمى dbEST.

dbEST: كتالوج وصفي لـ EST

أنشأ العلماء في NCBI dbEST لتنظيم وتخزين وتوفير الوصول إلى الكتلة الكبيرة من بيانات EST العامة التي تراكمت بالفعل ، والتي تستمر في النمو يوميًا. باستخدام dbEST ، يمكن للعالم الوصول ليس فقط إلى بيانات عن ESTs البشرية ، ولكن أيضًا معلومات عن ESTs من أكثر من 300 كائن حي آخر. كلما كان ذلك ممكنًا ، يقوم علماء NCBI بتعليق سجل EST مع أي معلومات معروفة. على سبيل المثال ، إذا تطابق EST مع تسلسل DNA الذي يرمز لجين معروف بوظيفة معروفة ، يتم وضع اسم ووظيفة هذا الجين في سجل EST. يسمح التعليق التوضيحي لسجلات EST للعلماء العامين باستخدام dbEST كوسيلة لاكتشاف الجينات. من خلال استخدام أداة بحث في قاعدة البيانات ، مثل NCBI's BLAST ، يمكن لأي طرف مهتم إجراء عمليات بحث عن تشابه التسلسل مقابل dbEST.

UniGene: مجموعة غير زائدة عن الحاجة من العناقيد الجينية

نظرًا لأنه يمكن التعبير عن الجين على أنه mRNA عدة مرات ، فإن ESTs المشتقة في النهاية من هذا الرنا المرسال قد تكون كذلك متكرر. وهذا يعني أنه قد يكون هناك العديد من النسخ المتطابقة أو المتشابهة من نفس EST. يعني هذا التكرار والتداخل أنه عندما يبحث شخص ما عن dbEST عن EST معينة ، فقد يسترجع قائمة طويلة من العلامات ، قد يمثل الكثير منها نفس الجين. يمكن أن يستغرق البحث في كل هذه الأدوات الإلكترونية المتطابقة وقتًا طويلاً. لحل مشكلة التكرار والتداخل ، طور محققو NCBI قاعدة بيانات UniGene.


محتويات

DbEST

dbEST هو قسم من Genbank تم تأسيسه في عام 1992. أما بالنسبة لـ GenBank ، فإن البيانات الموجودة في dbEST يتم تقديمها مباشرة من قبل المختبرات في جميع أنحاء العالم ولا يتم تنسيقها.

Contigs EST

نظرًا للطريقة التي يتم بها تسلسل ESTs ، غالبًا ما تكون العديد من علامات التسلسل المعبر عنها عبارة عن تسلسلات جزئية تتوافق مع نفس mRNA للكائن الحي. في محاولة لتقليل عدد علامات التسلسل المعبر عنها لتحليلات اكتشاف الجينات النهائية ، قامت عدة مجموعات بتجميع علامات التسلسل المعبر عنها في contigs EST. أمثلة على الموارد التي توفر contigs EST تشمل:

بناء contigs EST ليس تافهًا وقد ينتج عنه مصنوعات (contigs التي تحتوي على منتجين جينيين متميزين). عندما يتوفر تسلسل الجينوم الكامل لكائن حي ويتم شرح النصوص ، فمن الممكن تجاوز التجميع المتواصل ومطابقة النصوص مباشرةً مع EST. يستخدم هذا النهج في نظام TissueInfo (انظر أدناه) ويسهل ربط التعليقات التوضيحية في قاعدة البيانات الجينومية بمعلومات الأنسجة التي توفرها بيانات EST.


علامة التسلسل المعبر عنها (EST)

تسلسل جزئي قصير ، طوله عادة 200-400 زوج قاعدي ، لاستنساخ DNA (cDNA) * التكميلي. نظرًا لأن cDNAs يتم تحضيرها عن طريق النسخ العكسي لجزيئات RNA الرسول ، فإن ESTs تعمل كعلامات للجينات التي يتم التعبير عنها في أنسجة أو أعضاء معينة. يتم الاحتفاظ ببيانات تسلسل EST في قواعد البيانات ، ويستخدم الباحثون برامج الكمبيوتر للبحث عن التسلسلات التي تتوافق ، على سبيل المثال ، مع تسلسل الأحماض الأمينية الجزئية لبروتين قيد التحقيق. The EST sequence can then be used to construct a DNA probe to locate the respective clone from a . .

Access to the complete content on Oxford Reference requires a subscription or purchase. Public users are able to search the site and view the abstracts and keywords for each book and chapter without a subscription.

يرجى الاشتراك أو تسجيل الدخول للوصول إلى محتوى النص الكامل.

إذا كنت قد اشتريت عنوانًا مطبوعًا يحتوي على رمز وصول ، فيرجى الاطلاع على الرمز المميز للحصول على معلومات حول كيفية تسجيل الرمز الخاص بك.

For questions on access or troubleshooting, please check our FAQs, and if you can''t find the answer there, please contact us.


How to submit data

Beginning in 2019, you may submit to dbEST using tbl2asn. Only input data files 1 and 2 under REQUIRED are necessary to generate an EST submission.

    containing a text ASN.1 Submit-block object (suffix .sbt) in FASTA format (suffix .fsa). Each sequence in the FASTA file should include [organism=Genus species] [tech=EST] [moltype=mRNA]. The SeqID will be used as the clone value. You may use other relevant source modifiers as well, including tissue-type, dev-stage, etc., as in [tissue-type=cardiac muscle], [dev-stage=adult], [strain=ABC123], etc.
  1. Features are not required, but you may include a feature table with no more than a single misc_feat for each sequence with "similar to . " in the note. No other features may be applied to ESTs.

Once you have generated your template.sbt and ESTs.fsa files, the command line for running tbl2asn will look something like this:

tbl2asn -t template.sbt -i ESTs.fsa -a s -V v

The submission file generated in this example would be ESTs.sqn

A more thorough description of the possible command line arguments is available on the tbl2asn page.

You may also include BioProject or BioSample information, if the ESTs are part of a larger, ongoing project.

Please send your EST submission (.sqn file) to [email protected]
Any questions may be sent to [email protected] or [email protected]


شاهد الفيديو: What are Expressed Sequence Tags EST? Genomics (قد 2022).