معلومة

العدد الإجمالي للطفرات في الفروع المختلفة لشجرة الجينات مستقلة أم لا؟

العدد الإجمالي للطفرات في الفروع المختلفة لشجرة الجينات مستقلة أم لا؟



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

كنت أقرأ ورقة تاجيما عام 1989 حول اختباره للحياد.

تاجيما ، فوميو. "الطريقة الإحصائية لاختبار فرضية الطفرة المحايدة عن طريق تعدد أشكال الحمض النووي." علم الوراثة 123.3 (1989): 585-595.

هذا هو السؤال: لنفترض أن لدينا ثلاثة متواليات باسم $ C و D و E $ وأن نسبهم تتبع $ { {CD } E } $ (على سبيل المثال ، يتحد $ C $ و $ D $ أولاً قبل أن يندمجوا مع $ E $). لنفترض أن $ B $ هو أحدث سلف مشترك بين $ C $ و $ D $.

لنفترض الآن أن المتغير العشوائي $ k_ {ij} $ هو عدد الفروق النوكليوتيدية بين التسلسل $ i $ والتسلسل $ j $ ، ثم يوضح Tajima أن $ k_ {BC} $ و $ k_ {BD} $ لهما قيمة غير صفرية التغاير.

لكن أليست الطفرات في الفرع مستقلة عن الطفرات في الفرع $ BD $؟ كنت أفكر في أن العدد الإجمالي للطفرات في العلامة التجارية $ BC $ و $ BD $ هما متغيرين مستقلين موزعين بشكل متماثل ، لذا فإن $ k_ {BC} $ و $ k_ {BD} $ مستقلان ، فلماذا يمتلكان عنصرًا غير- صفر تغاير؟

============ تحديث =============

لدي الآن بعض الأفكار الأساسية ، لكن لم أحصل على الإجابة الكاملة.

لا يعد تعريف Tajima لـ $ k_ {ij} $ مستقلاً عن حجم العينة ، ولا عن وقت اندماج ثابت. (راجع مقالته لعام 1983: Tajima، Fumio. "العلاقة التطورية لتسلسل الحمض النووي في مجموعات سكانية محدودة". علم الوراثة 105.2 (1983): 437-460.)

على سبيل المثال ، في عينة بحجم 3 ، إذا اخترت فردين ، وشرطت أن يندمج الاثنان أولاً ، فسيتبع وقت اندماجهما: begin {align *} mathbb {P} (t = T) = p ( T) = frac {3} {2N} e ^ {- frac {3} {2N} T} end {align *} الآن التكييف على وقت اندماج ثابت $ t $ ، وهو عدد الطفرات تحت المواقع اللانهائية النموذج في كل فرع إما من $ B $ إلى $ C $ أو من $ B $ إلى $ D $ سوف يتبع توزيع poisson مع المعلمة $ mu t $ ، حيث $ mu $ هو معدل الطفرة لكل تسلسل لكل جيل. اجعل هذا المتغير العشوائي poisson $ xi_t $ في الفرع $ BC $ و $ eta_t $ في الفرع $ BD $. ثم ابدأ {align *} k_ {BC} = sum_ {t = 0} ^ { infty} xi_tp (t) k_ {BD} = sum_ {t = 0} ^ { infty} eta_tp (t) end {align *} إذا نظرنا فقط إلى المجموع الجزئي للسلسلة أعلاه ، ابدأ {align *} k_ {BC} ^ {(n)} = sum_ {t = 0} ^ {n} xi_tp (t) k_ {BD} ^ {(m)} = sum_ {t = 0} ^ {n} eta_tp (t) end {align *} ثم $ k_ {BC} ^ {(n) } من الواضح أن $ و $ k_ {BD} ^ {(n)} $ لهما تغاير صفري ، لأن $ xi_t $ و $ eta_t $ متغيران مستقلان لـ poisson ، ومن هنا start {align *} mathbb {E} (k_ {BC} ^ {(n)} k_ {BD} ^ {(n)}) & = mathbb {E} ( sum_ {t = 0} ^ {n} xi_tp (t) sum_ {t = 0 } ^ {n} eta_tp (t)) = sum_ {i = 0} ^ {n} sum_ {j = 0} ^ np (i) p (j) mathbb {E} ( xi_i eta_j) = sum_ {i = 0} ^ {n} sum_ {j = 0} ^ np (i) p (j) mathbb {E} xi_i mathbb {E} eta_j & = mathbb {E } k_ {BC} ^ {(n)} mathbb {E} k_ {BD} ^ {(n)}، end {align *} بحيث يكون التباين بينهما صفرًا.

ولكن نظرًا لأن $ n to + infty $ ، فإن كيفية تقارب $ k_ {BC} ^ {(n)} k_ {BD} ^ {(n)} $ إلى $ k_ {BC} k_ {BD} $ أمر مشكوك فيه. لن يتقارب بشكل موحد مع $ k_ {BC} k_ {BD} $ لأنه بخلاف ذلك يمكننا أولاً حساب التوقع ثم أخذ النهاية ، مما يعطينا تغايرًا صفريًا. لم يوضح لنا تاجيما بوضوح كيف قام بحساب التغاير بجمع ثلاث سلاسل لا نهائية معًا (السطر 7 ، الصفحة 448 ، ورقة 1983). حاولت العمل مباشرة على تلك السلسلة لكنني فشلت في المجموع الأخير. نتيجته صحيحة ، ومع ذلك ، آمل أن يتمكن شخص ما من إعطاء بعض التلميح عن سبب وجود علاقة متأصلة بين هذه المتغيرات العشوائية التي تبدو مستقلة.

======= تحديث: تم نشر شرح بسيط ==============


هذه إجابة بسيطة لسؤالي. السبب في أن عددين من إجمالي الطفرات المتراكمة في فرعين متباينين ​​غير مستقلين عن بعضهما البعض هو أنهم يواجهون نفس القدر من وقت الاندماج.

بينما عمليات طفرة بواسون الثابتة نكون مستقلة عن بعضها البعض طالما تحدث في فروع مختلفة من علم الأنساب ، فمن المحتمل أن تنتج عددًا مشابهًا من الطفرات إذا حدثت عمليتان من هذا القبيل معًا لنفس الفترة الزمنية. وبالتالي ، فإن الجزء غير الصفري من التغاير المشترك بين $ k_ {BC} $ و $ k_ {BD} $ ليس من عمليات الطفرات نفسها ، ولكن من وقت الاندماج المشترك $ T $.


شاهد الفيديو: الطفرات الجينية الأحياء معانا غييير (أغسطس 2022).