معلومة

ما هو الفرق بين phylogroup و subclade؟

ما هو الفرق بين phylogroup و subclade؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

إذا كنت تبحث عن توضيح في المصطلحات ، فستكون الأمثلة محل تقدير كبير!

لست متأكدا كيف أن هذا خارج عن الموضوع. إنه سؤال عام حول الاختلاف بين المفاهيم البيولوجية المحددة في مجال المعلوماتية الحيوية.

"الأسئلة من الطلاب والأكاديميين والباحثين النشطين في علم الأحياء والمجالات وثيقة الصلة ، بما في ذلك:

  • أسئلة عامة حول المفاهيم البيولوجية

  • أسئلة حول الآليات البيولوجية وراء الحالات الطبية

  • أسئلة حول التقنيات في مختبر بيولوجي أو كيميائي حيوي

نرحب أيضًا بالأسئلة المتعلقة بالمواضيع متعددة التخصصات مثل المعلوماتية الحيوية ، طالما أنها تركز على الجزء البيولوجي من الموضوع ".


Subclade

كاورو ساتو ، هاروهيكو سيومي ، في الإنزيمات ، 2012

2.1 Piwi

العضو المؤسس للفئة الفرعية PIWI هو ذبابة الفاكهة Piwi ، التي تم اكتشافها في الأصل بسبب وظيفتها في التجديد الذاتي للخلايا الجذعية الجرثومية (GSC) وتطوير الخط الجرثومي. كلا من الذكور والإناث بيوي تفشل الذبابات الطافرة في الحفاظ على الخلايا الجذعية السرطانية ، وبالتالي فهي عقيمة [24]. يتم التعبير عن Piwi في كل من الخلايا الجذعية السرطانية والخلايا الجسدية المحيطة بها ويتراكم في النوى في كلا نوعي الخلايا في المبايض [24]. كشفت الدراسات الجينية أن التعبير عن Piwi في الخلايا المتخصصة الجسدية المحيطة مطلوب لصيانة GSC ، في حين أن التعبير عن Piwi في GSCs يعزز انقسامها [24 ، 25]. في المقابل ، في الخصيتين ، يتم ترجمة Piwi فقط في نوى الخلايا الجسدية المسماة الخلايا المحورية ، والتي تشكل مكانًا مناسبًا لـ GSCs [26]. كيف يعمل Piwi في التجديد الذاتي وصيانة GSC؟ جاء دليل على ذلك من اكتشاف أن العديد من الينقولات كانت مكتئبة في بيوي تحور المبيضين والخصيتين ، مما يشير إلى أن Piwi مطلوب لإسكات الينقولات في كل من الغدد التناسلية للذكور والإناث [27-33]. تنتقل العناصر القابلة للتحويل إلى مواقع جديدة من الجينوم إما عن طريق آلية النسخ واللصق أو عن طريق آلية القص واللصق ، وبالتالي فهي عبارة عن طفرات طبيعية [21 ، 34]. جينوم GSC عرضة للكسر الكروموسومي بسبب إما إعادة التركيب الانتصافي أو تعبئة الينقولات [35 ، 36]. وبالتالي ، فمن الأهمية بمكان إبقاء الينقولات صامتة للحفاظ على سلامة جينوم السلالة الجرثومية. كيف ، إذن ، يقوم Piwi بقمع الينقولات؟ تم العثور على Piwi لربط الحمض النووي الريبي الصغير الخاص بالسلالة الجرثومية بطول 23-29 نانومتر ، يشار إليها مجتمعة باسم الحمض النووي الريبي المتفاعل مع Piwi (piRNAs) (الشكل 7.2) [1،2،21،22] ، والتي تكون أطول من siRNAs و ميرناس. يتم اشتقاق غالبية piRNAs المرتبطة بـ Piwi من السلاسل المضادة للترانسبوزونات فيما يتعلق بـ transposon mRNAs (نصوص ترانسبوزون) [27،28،32،37،38]. تحمل piRNAs المرتبطة بـ Piwi مجموعة أحادي الفوسفات 5 وتظهر تفضيلًا لبقايا 5 يوريدين (U) [27،28،37،39]. على عكس miRNAs للثدييات ، ولكن على غرار miRNAs النباتية و siRNAs الذاتية للحيوانات ، تحمل piRNAs 2′-ا-ميثيل (2′-ا-Me) في نهايتها 3 [32،40-44]. يتم التوسط في هذا المثيلة بواسطة HEN1 RNA methyltransferase والذي من المحتمل أن يعمل على سلائف piRNA بينما هو مرتبط بالفعل بـ Piwi [45،46]. من المحتمل أن تحمي مثيلة 3-end piRNAs من الإضافة غير المصطنعة لبقايا اليوراسيل التي تؤدي بدورها إلى تدهور piRNAs [47]. أثارت هذه النتائج احتمال أن تقوم piRNAs بتوجيه الأنشطة القمعية لـ Piwi نحو نسخ الترانسبوزون أو DNA transposon ، ربما عن طريق الاقتران الأساسي لقمع الينقولات [27 ، 28 ، 32 ، 48]. لا يزال يتعين توضيح الآلية (الآليات) التي يقوم بها Piwi بقمع الينقولات ، ومع ذلك ، فقد كشفت تحليلات الطفرات أن التوطين النووي لـ Piwi مطلوب لإسكات ترانسبوزون ، على الرغم من أن نشاط Piwi & # x27s Slicer يبدو غير ضروري لهذه الوظيفة [48]. أشارت نتائج الدراسات السابقة إلى أن Piwi قد تلعب دورًا في تكوين الكروماتين المغاير في مواضع الترانسبوزون في الجينوم [33 ، 49].

الشكل 7.2. تشكيل piRISC. يمكن إنشاء سلائف piRNA (pre-piRNAs) عن طريق معالجة النصوص الطويلة من مجموعات piRNA (المسار الأساسي) أو النصوص المستهدفة المشقوقة بوساطة piRISC الناضج (دورة بينج بونج). تدمج بروتينات PIWI ما قبل piRNAs الطويلة مع تفضيل أمين 5′-nucleotide. على سبيل المثال ، يتم تحميل ما قبل piRNAs مع 5 أحادي الفوسفات على Siwi ، وهو بروتين Piwi لدودة القز ، مع تحيز قوي لليوريدين في الموضع 1 (1U). بعد ذلك ، يتم قطع ما قبل piRNAs المحملة إلى ما يقرب من 27-30 nt بواسطة أداة تشذيب غير معروفة ، وأخيراً 2′-ا- ميثيل عند نهايتها 3 بواسطة Hen1 / Pimet. 2′-ا-الميثيل ، على الأرجح ، مقرون بالتشذيب.


مقدمة في علم التطور:Polytomies صعبة أم لينة؟

يمكن أن يمثل Polytomies حالتين مختلفتين. أولاً ، يمكن أن يمثلوا الفرضية الحرفية التي مفادها أن مجموعة سلالة مشتركة من الأجداد تنقسم cladogenesis (بمعنى آخر.، انتواع) في سلالات متعددة. بموجب هذا التفسير ، يشار إلى هذه العقدة الداخلية باسم أ الشد الصعب (أسفل اليسار). بدلاً من ذلك ، فإن الشخص الذي يصور الشد في مخطط cladogram لا يتوقع حقًا أن يكون نفس السلف هو الذي أدى إلى ظهور جميع الأصناف البنت ، ولكنه غير مؤكد أي نمط تم حله هو أفضل فرضية. في ظل هذه الظروف ، يشار إلى هذه العقدة باسم الشد الناعم (أسفل اليمين). هذا هو في الواقع المعنى المقصود الأكثر شيوعًا لفغر الشدة.

تعدد الأشكال وأشجار التوافق الصارم:
يوضح كلا المخططين أدناه موقفًا شائعًا في تحليل النشوء والتطور ، عندما يتنافس اثنان أو أكثر حلت بشكل نهائي قد تكون فرضيات مخطط cladogram مدعومة جيدًا بنفس القدر البخل. يتم استخدام المثال التالي لشرح كيفية تمثيل عدم اليقين هذا أحيانًا بواسطة a إجماع صارم شجرة.


ضع في اعتبارك المخططات A و B أعلاه. تختلف هذه المخططات في العلاقة المفترضة للسلحفاة مع الزواحف الأخرى (*). Cladogram A هي الفرضية القائلة بأن سلحفاة هو تصنيف أخت إلى كليد ، طائر + تمساح (أركوصوريا). Cladogram A هي الفرضية البديلة الأكثر تقليدية سلحفاة هي ، بدلاً من ذلك ، تصنيف أخت لجميع الزواحف الأخرى (أعيد تعريفها بشكل كلادي لتشمل الطيور في هذه الدورة!). يشار إلى هذه الطبقة الفرعية الزاحفة الأخيرة إما ساوريا أو ديابسيدا، اعتمادًا على الاسم المفضل.


يمكن دمج كلادوجرامس A و B كـ a إجماع صارم cladogram. هذا هو واحد من عدة أنواع من أشجار الإجماع. على وجه التحديد ، يحافظ الإجماع الصارم فقط على تلك العقد الداخلية المشتركة بين فرضيتين أو أكثر من فرضيات مخطط cladogram التي تستند إليها. لاحظ ، على سبيل المثال ، أن طيور + تماسيح كان مدعومًا في كل من cladograms A و B (أعلاه). وبالتالي طيور + تماسيح يوجد أيضًا في الإجماع الصارم (يسار). بطريقة مماثلة، ثعبان + سحلية تم العثور عليه في الإجماع الصارم. ومع ذلك ، تختلف cladograms A و B في موضعها سلحفاة. هذا يؤدي إلى انهيار العقد الداخلية المدعومة في أي من مخطط cladogram A أو B بحيث يكون هناك الآن تعدد في الإجماع الصارم. ومن ثم ، فإن هذا يعد عملية تعدد لينة لأننا نستخدم الإجماع الصارم لتلخيص فرضيات cladogram البديلة التي تم حلها بالكامل. غالبًا ما يكون هذا مناسبًا ، لا سيما في الحالات التي يوجد فيها أكثر من اثنتين (غالبًا الآلاف) من الأشجار قليلة البخل ، بحيث يكون الإجماع الصارم بمثابة شكل موجز. ومع ذلك ، فإن الإجماع الصارم لا يخلو من العيوب. على وجه الخصوص ، لاحظ أن هناك في الواقع أكثر من اثنين (cladograms A و B) من قرارات polytomy التي يمكن تلخيصها من خلال هذا الإجماع الصارم ، بحيث لا توجد طريقة لمعرفة أي (من بين العديد) cladograms تم حلها كليًا أو جزئيًا تلخيصها الإجماع الصارم. لتوضيح هذا القيد ، ضع في اعتبارك أنه في الإجماع الصارم على cladograms A و C (أدناه) متطابق مع cladograms A و B.


ومع ذلك ، فإن أشجار الإجماع الصارمة هذه تستند إلى أماكن مختلفة تمامًا. في الحالة الأولى (cladograms A و B في المثال السابق) ، سلحفاة تم دعمه جيدًا أيضًا كصنف أخت للزواحف الأخرى (cladogram B) ، و سلحفاة كنت ليس معتمد كأخت أخت ثعبان + سحلية (cladogram C) ، بينما في الحالة الثانية (لصالح cladograms A و C) ، تكون العبارات المعاكسة صحيحة. النقطة المهمة هي أن الشد في مخطط cladogram يقدم غموضًا فيما يتعلق بالشجرة (الشجرة) التي يتم دعمها بشكل أفضل باعتبارها الأكثر شحًا بواسطة البيانات الموجودة. * Cladogram B هي الفرضية المفضلة تقليديًا على الرغم من أن الأدلة الجزيئية الحديثة تتراكم لصالح مخطط cladogram A ، حيث يتم وضع السلاحف كصنف أخت من Archosauria (بما في ذلك التماسيح والطيور) أو داخل الأركوصورات ، وعادة ما تكون شقيقة من التماسيح. انقر هنا للحصول على روابط لهذه الآراء المختلفة أو العودة إلى المثال.


علم الجينوم المقارن لمُمْرِض الطيور الأوروبي E. Coli (APEC)

خلفية: تسبب الإشريكية القولونية المسببة للأمراض في الطيور (APEC) داء القولونيات ، مما يؤدي إلى خسائر اقتصادية كبيرة لصناعة الدواجن في جميع أنحاء العالم. ومع ذلك ، فإن التنوع بين العزلات لا يزال غير مفهوم. هنا ، تم تمييز ما مجموعه 272 عزلة من APEC تم جمعها من المملكة المتحدة (المملكة المتحدة) وإيطاليا وألمانيا باستخدام تفاعلات سلسلة البوليميراز المتعددة (PCRs) التي تستهدف 22 عاملًا متساويًا في الوزن تغطي جينات الفوعة ونوع R ومجموعة phylogroup. بعد هذا التحليل ، تم تحليل 95 من السلالات المحددة باستخدام تسلسل الجينوم الكامل (WGS).

نتائج: كانت مجموعات phylogroup الأكثر شيوعًا هي B2 (47 ٪) و A1 (22 ٪) ، على الرغم من وجود اختلافات وطنية مع ألمانيا التي تقدم المجموعة B2 (35.3 ٪) وإيطاليا تقدم المجموعة A1 (53.3 ٪) والمملكة المتحدة تقدم المجموعة B2 (56.1 ٪) على أنها الأكثر انتشارًا. كان R-type R1 هو النوع الأكثر شيوعًا (55 ٪) بين APEC ، لكن الأنواع R المتعددة كانت شائعة أيضًا (26.8 ٪). بعد تجميع جميع بيانات PCR التي غطت ما مجموعه 15 جينًا من الجينات الفوعة ، كان من الممكن بناء شجرة تشابه باستخدام كل نتيجة PCR غير مرجحة لإنتاج 9 مجموعات متميزة. كان متوسط ​​عدد جينات الفوعة 6-8 لكل عزلة ، ولكن لم يتم العثور على ارتباط إيجابي بين مجموعة السلالات وعدد أو نوع جينات الفوعة. تم تحديد تسلسل الجينوم لما مجموعه 95 عزلة تمثل كل من هذه المجموعات التسع وتحليلها في النمط المصلي السيليكو ، والطباعة المتسلسلة متعددة البؤرة (MLST) ، ومقاومة مضادات الميكروبات (AMR). أظهرت عزلات المملكة المتحدة التباين الأكبر من حيث النمط المصلي و MLST مقارنة بالعزلات الألمانية والإيطالية ، في حين تم العثور على أقل انتشار لـ AMR للعزلات الألمانية. تم تجميع أشجار التشابه باستخدام بيانات التسلسل ، ولا سيما بيانات تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة التي ولدت عشر مجموعات جينية متميزة. يتألف تواتر المجموعات الجينية عبر أوروبا من 26.3٪ تنتمي إلى المجموعة 8 التي تمثل المجموعات المصلية O2 و O4 و O18 و MLST من الأنواع ST95 و ST140 و ST141 و ST428 و ST1618 وغيرها ، 18.9٪ تنتمي إلى المجموعة 1 (المجموعات المصلية O78 وأنواع MLST ST23 ، ST2230) ، 15.8٪ ينتمون إلى المجموعة 10 (المجموعات المصلية O8 ، O45 ، O91 ، O125ab وأنواع MLST المتغيرة) ، 14.7٪ ينتمون إلى المجموعة 7 (المجموعات المصلية O4 ، O24 ، O35 ، O53 ، O161 و MLST type ST117) و 13.7٪ تنتمي إلى المجموعة 9 (المجموعات المصلية O1 و O16 و O181 وغيرها وأنواع MLST ST10 و ST48 وغيرها). المجموعات الأخرى (2 ، 3 ، 4 ، 5 ، 6) تحتوي كل منها على سلالات قليلة نسبيًا. ومع ذلك ، بالنسبة لبعض المجموعات الجينية (مثل المجموعتين 6 و 7) كان التداخل الجزئي مع مجموعة SNPs وتجميع PCR (مطابقة مجموعات PCR 8 (13 عزلة في 22) و 1 (14 عزلة في 16) يمكن ملاحظتها). ومع ذلك ، لم يكن من الممكن الحصول على علاقة واضحة بين المجموعات الجينية ومجموعات تفاعل البوليميراز المتسلسل غير الموزونة. قد يكون هذا بسبب اللدونة الجينومية للإشريكية القولونية التي تمكن السلالات من حمل نفس عوامل الفوعة حتى لو كان النمط الجيني العام مختلفًا بشكل كبير.

الاستنتاجات: الاستنتاج الذي يمكن استخلاصه من الافتقار إلى الارتباطات هو أولاً ، أن APEC متنوع للغاية وثانيًا ، لا يمكن الاعتماد على أي واحد أو أكثر من الاختبارات الجزيئية أو النمطية الأساسية لتحديد APEC بوضوح ، مما يؤكد الحاجة إلى تحليل الجينوم الكامل النهج التي نصفها هنا. تسلط هذه الدراسة الضوء على وجود الأنماط المصلية و MLSTs التي لم يتم الإبلاغ عنها سابقًا لـ APEC في أوروبا. علاوة على ذلك ، فهي خطوة أولى في إعادة النظر بحذر في مزايا معايير التحديد الكلاسيكية مثل الكتابة على شكل حرف R ، وتجميع المجموعات السكانية ، والتنميط المصلي.

الكلمات الدالة: E. coli الممرضة للطيور الجينوم المقارن Multiplex PCR تحليل عوامل الضراوة.


يكشف علم التطور الوراثي لـ SAR116 clade عن مجموعتين فرعيتين بمسارات تطورية مختلفة ودور مهم في دورة الكبريت في المحيط

يمثل كليد SAR116 داخل فئة Alphaproteobacteria واحدة من أكثر مجموعات البكتيريا غيرية التغذية التي تعيش على سطح المحيط. يمثل العدد القليل من الممثلين المثقفين لـ116 ريالًا سعوديًا (اثنان فقط حتى الآن) عنق الزجاجة الرئيسي الذي حال دون إجراء دراسة متعمقة على المستوى الجينومي لفهم العلاقة بين تنوع الجينوم ودوره في البيئة البحرية. في هذه الدراسة ، نستخدم جميع الجينومات المتاحة للجمهور لتقديم نظرة عامة الجينوم عن تطور السلالات ، والتمثيل الغذائي والجغرافيا الحيوية داخل كليد SAR116. أدى هذا التنوع الجيني المتزايد الذي تم الكشف عنه إلى اكتشاف سلالتين فرعيتين بقيمة 116 ريال سعودي ، على الرغم من وجود حجم جينوم مماثل (كاليفورنيا. 2.4 ميجا بايت) وتتعايش في نفس البيئة ، تعرض خصائص مختلفة في تكوينها الجيني. يمثل أحدهما فئة فرعية جديدة لم يتم عزل أي ثقافات نقية وتتألف بشكل أساسي من جينومات مفردة التضخيم (SAGs). أظهرت الجينومات داخل هذه الفئة الفرعية مسارات تطورية متقاربة مع ميزات تبسيط أكثر ، مثل محتوى GC المنخفض (كاليفورنيا. 30٪) ، فواصل جينية قصيرة (& lt22 bp) واختيار تنقية قوي (منخفض dنس). إلى جانب ذلك ، كانوا أكثر وفرة في قواعد البيانات الميتاجينومية التي تجند أيضًا عند الحد الأقصى للكلوروفيل العميق. أقل وفرة ومقتصرة على الطبقات الضوئية العليا للمحيط العالمي ، الطبقة الفرعية الأخرى من 116 ريال سعودي ، المخصبة في MAGs ، استوعبت الثقافتين النقيتين الوحيدتين. اقترح التحليل الجينومي أن كلا الواصلين لهما دور مهم في دورة الكبريت مع وجود اختلافات في الطريقة التي يمكن بها لكلا الواصلين استقلاب ثنائي ميثيل سلفونوبروبيونات (DMSP).

أهمية كليد SAR116 من Alphaproteobacteria عبارة عن مجموعة منتشرة في كل مكان من البكتيريا غيرية التغذية التي تعيش على سطح المحيط ، ولكن المعلومات حول بيئتها وتنوعها الجيني السكاني نادرة بسبب صعوبة الحصول على عزلات نقية. أصبح الجمع بين علم الجينوم أحادي الخلية وعلم الجينوميات طريقة بديلة لدراسة هذا النوع من الميكروبات. توسع نتائجنا من فهم التنوع الجيني والتوزيع وأنماط الحياة داخل هذا الفرع وتقدم دليلًا على المسارات التطورية المختلفة في تكوين الجينوم الخاص بالفرعين اللذين يمكن أن يساعدا في فهم كيف يمكن للضغط التطوري أن يؤدي إلى تكيفات مختلفة في نفس البيئة . لذلك ، يمثل كليد SAR116 نموذجًا حيًا مثاليًا لدراسة التبسيط التطوري للجينومات في الميكروبات التي لها ارتباط وثيق نسبيًا ببعضها البعض.


مقدمة

الإشريكية القولونية هو ساكن شائع في الجهاز الهضمي للكائنات ذوات الدم الحار ويمكن أيضًا العثور عليه في بيئات التربة والمياه العذبة 1. تتألف الأنواع من سلالات متعايشة وممرضة ، والتي يمكن أن تسبب المرض في مجموعة متنوعة من العوائل 2. لأسباب تاريخية وطبية "شيغيلا"لقد احتفظت السلالات باسم جنس منفصل ، على الرغم من أنها معروفة جيدًا لسنوات عديدة ، استنادًا إلى مجموعة متنوعة من الأساليب ، والتي شيغيلا هي بالفعل نوع فرعي من بكتريا قولونية 3. في البشر ، مسببة للأمراض بكتريا قولونية السلالات هي سبب رئيسي لدخول المستشفى المرتبط بالإسهال 4. بعض الأسباب بكتريا قولونية تمت دراستها بشكل مكثف على النحو التالي: معدل النمو السريع في وجود الأكسجين ، سهولة التكيف مع التغيرات البيئية ، والسهولة النسبية التي يمكن بها التلاعب بها وراثيًا 5. التنوع الجيني للأنواع التي ينتمي إليها الجنس شيغيلا تم اقتراح تضمينه 6،7 ، وهو ما ينعكس من خلال وجود العديد من مجموعات النشوء والتطور (phylogroups) التي تم تحديدها باستخدام مجموعة متنوعة من الطرق المختلفة 8،9،10.

تاريخيًا ، تم التعرف على أربع مجموعات سلالات قابلة للاكتشاف بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل الثلاثي: A و B1 و B2 و D 8،10 ، وأضيفت ثلاث مجموعات أخرى لاحقًا 11: مجموعات المجموعات السكانية C (الأقرب بالنسبة إلى B1) ، F (كمجموعة شقيقة من phylogroup B2) ، و E الذي أعيد تعيين العديد من أعضاء D إليه. قامت بعض الدراسات بتقسيم مجموعات phylogroups هذه إلى أقسام فرعية من F و D ، ومجموعات phylogroups منفصلة لـ شيغيلا الأنواع 12. في الآونة الأخيرة ، Clermont et al. تم تمييز 13 النمط النسبي G باستخدام متعدد الإرسال PCR باعتباره مجموعة phylogroup وسيطة بين B2 و F. يُعتقد أن مجموعات phylogroups أحادية اللون 10،12 وتتزامن جزئيًا مع منافذ بيئية وأنماط حياة مختلفة. علاوة على ذلك ، تختلف مجموعات phylogroup في الخصائص الأيضية ، ووجود جينات الفوعة ، وكذلك في ملامح مقاومة المضادات الحيوية 10،14،15،16.

نظرًا لأن تسلسل الجينوم البكتيري أصبح أسهل وأسرع وأقل تكلفة ، فقد تم تطوير عدة طرق لمقارنة الجينوم الكامل. وهكذا ، فإن مجموعات phylogroups التي تتميز أصلاً بـ PCR وكتابة التسلسل متعدد التركيز (MLST) والرحلان الكهربي للإنزيم متعدد التركيز (MLEE) يبدو أنهما عبارة عن مجموعات سلالة مميزة ، مستنسخة باستمرار من مجموعة متنوعة من الطرق المختلفة المستندة إلى الجينوم الكامل.

نحن هنا نصف تحليلاً شاملاً لأكثر من 100000 تسلسل جينوم متاح للجمهور ، يتألف من 12602 تسلسل جينومي مجمّع من GenBank وأكثر من 125000 تسلسل جينوم غير مجمّع من أرشيف قراءة التسلسل (SRA). تجمع هذه الدراسة بين تسلسل الجينوم الكامل (WGS) والجينومات المفككة SRA باستخدام موارد الحوسبة عالية الأداء ، لإجراء ، على حد علمنا ، أكبر تحليل حتى الآن للبنية السكانية لـ بكتريا قولونية. قمنا بتقييم أوجه التشابه والاختلاف الجينومي بين مجموعات phylogroups لتوصيف عدم التجانس الجيني لهذه السلالات المختلفة للتطور الوراثي. لقد حددنا أيضًا 14 جينومًا "متوسطيًا" 20 يمكن اعتباره "المركز" الجيني لكل مجموعة من مجموعات المجموعات في مجموعة البيانات الخاصة بنا ويمكن استخدامه كتسلسل تمثيلي لمجموعة المجموعات المرتبطة. علاوة على ذلك ، فإن هذه الدراسة لها تطبيق في مجالات الصحة العامة والعلوم الطبية ، حيث توفر معلومات مفصلة حول التنوع الموجود في بكتريا قولونية تمكن الباحثين في مجال الصحة العامة من تحديد السلالات المسببة للأمراض التي تنتمي إلى نفس النسب الجينية التي تظهر في حالات تفشي المرض في مواقع زمنية وجغرافية مختلفة.


Sinuicella denisonii ، جنس وأنواع جديدة في Peltigeraceae من غرب أمريكا الشمالية

تم العثور على جنس Sinuicella الجديد ، وهو حزاز متوالي مبكر ، على تربة جرداء في ولاية أوريغون بالولايات المتحدة الأمريكية. الثعلب عبارة عن فروتيكوز دقيق ، رمادي إلى أسود تقريبًا ، متفرّع ثنائي التفرع متساوي الذرات ، فروع مستديرة ، عرض 20-90 ميكرومتر في جبل مائي. تتكون القشرة من خلايا متشابكة على شكل قطع أحجية الصور المقطوعة. الجراثيم هي هيالين ، حاجز واحد ، 25-40 (–50) × 6.5-9 (–11) ميكرومتر. كشفت تحليلات التطور القصوى للاحتمالية على مجموعات البيانات متعددة التركيز ، والتي امتدت أولاً عن ترتيب Peltigerales بأكمله ثم اقتصرت على Peltigeraceae مع أخذ عينات ممتدة من Solorina و Peltigera ، عن وضع Sinuicella خارج الأجناس المعترف بها حاليًا ، شقيقة Peltigera ، بدعم كبير. استنادًا إلى التميز النسبي والمورفولوجي والإيكولوجي لـ Sinuicella ، نقدم رسميًا جنسًا جديدًا يمثله النوع الفردي S. denisonii. السيانوبيونت لـ S. denisonii هو Nostoc من phylogroup XL ، Clade 2 ، Subclade 3 بناءً على علامة rbcLX.


أساليب

ما مجموعه 30 مريضا متتاليا مع CRA (17 رجلا ، 13 امرأة ، تتراوح أعمارهم بين 39-79 ، متوسط ​​العمر 63 ± 9) ، 30 مريضا مع CRC (23 رجلا ، 7 نساء ، تتراوح أعمارهم بين 38-86 ، متوسط ​​العمر 67 ± 11) و تم تسجيل 20 عنصر تحكم صحي (مجموعة ذات خطر متوسط ​​لـ CRC مع نتائج تنظيرية طبيعية وذات تاريخ سلبي لـ CRA أو CRC أو مرض التهاب الأمعاء 9 رجال ، 11 امرأة ، تتراوح أعمارهم بين 23-84 ، متوسط ​​العمر 55 ± 15) في الدراسة المستقبلية.

كان هناك 6 مرضى مع CRA غير متقدم (N-A) و 24 مريضًا لديهم CRA متقدم (A). CRA المتقدم هو إما ورم غدي مع خلل التنسج منخفض الدرجة أكبر من 10 مم و / أو ورم غدي مع خلل التنسج عالي الدرجة من أي حجم و / أو ورم غدي مع مكون زغبي موجود في الأنسجة. تضمنت المجموعة المصابة بـ CRC 4 مرضى مصابين بـ CRC من الجانب الأيمن و 26 مريضًا مصابًا بـ CRC من الجانب الأيسر. كانت الحدود بين القولون "الأيسر" و "الأيمن" عند الثني الخطي للقولون.

تمت دعوة الأفراد المسجلين في الدراسة لإجراء تنظير البنكولون التشخيصي و / أو العلاجي. كان تحضير الأمعاء المعتاد إما محلول بولي إيثيلين جلايكول أو فوسفات الصوديوم. تم إجراء تنظير القولون بطريقة قياسية تحت التخدير الواعي في جميع الحالات. تم استخدام سلسلة مناظير القولون بالفيديو أوليمبوس 160 (شركة أوليمبوس ، طوكيو ، اليابان) بعد التطهير عالي المستوى السابق لكل تحقيق معين (مطهرات أوليمبوس ETD2 و ETD3). تم أخذ خزعات الغشاء المخاطي من الأعور والقولون المستعرض والمستقيم أثناء الإجراء في جميع المرضى / الضوابط الصحية (90 خزعة في مرضى CRA ، و 90 خزعة في مرضى CRC و 60 خزعة في المجموعة الضابطة). تم استخدام ملاقط الخزعة المعقمة (أوليمبوس) لكل خزعة. في دراستنا السابقة ، تحققنا من أن المساحة الداخلية للملقط ظلت معقمة على الرغم من مرور الملحق عبر قناة عمل المنظار الداخلي (البيانات غير معروضة). تم إدخال كل عينة خزعة من الغشاء المخاطي للقولون على الفور في مرق نقل غني بالكبد. تم تلقيح الثقافات الأولية القياسية على الدم وأجار MacConkey (عند 37 درجة مئوية لمدة 24 ساعة) تبع ذلك عزل استنساخ قياسي. تم عزل ما يصل إلى 7 مستعمرات مختلفة من البكتيريا القولونية من كل عينة (على الدم ، MacConkey و deoxycholate agars). تم التعرف على بكتيريا معينة بدقة بواسطة نظام Vitek2 (BioMérieux ، Marcy l’Etoile ، فرنسا) وتم تقييم حساسية السلالات للمضادات الحيوية. معًا ، تم تحديد 622 عزلة: 221 في مجموعة المرضى المصابين بـ CRA ، و 151 في الضوابط الصحية و 250 في المرضى الذين يعانون من CRC. تم تجميد جميع السلالات البكتيرية في قوارير كريوتوب عند درجة حرارة -80 درجة مئوية بشكل مناسب.

الجراثيم (إنتاج الجراثيم) لكل سلالة ، التنميط الجراثيم (تحديد نوع الجراثيم) و بكتريا قولونية تم التحقيق في مجموعات phylogroups. تم تحديد سلالات بكتيرية مجمدة لمستعمرات مفردة واستخدمت مستعمرة واحدة لتلقيح وسط TY السائل الذي يحتوي على التربتون (Hi-Media ، مومباي ، الهند) 8 جم / لتر ، مستخلص الخميرة (Hi-Media) 5 جم / لتر ، والصوديوم كلوريد 5 جم / لتر. تم تلقيح ألواح أجار (التي تحتوي على 1.5 ٪ أجار TY ، وزن / حجم) لاحقًا بواسطة طعنة إبرة مع ثقافات مرق طازجة وتم تحضين الألواح عند 37 درجة مئوية لمدة 48 ساعة. تم قتل البكتيريا باستخدام أبخرة الكلوروفورم لمدة 30 دقيقة. تم تراكب كل لوحة بطبقة رقيقة من أجار ناعم (0.7٪ أجار TY ، وزن / حجم) تحتوي على 10 7 خلايا / مل من إجهاد المؤشر. ثم تم تحضين الصفائح عند 37 درجة مئوية طوال الليل. باستثناء لوحات أجار TY ، تم اختبار إنتاج البكتريوسين على أجار غير غني نسبيًا يحتوي على مرق المغذيات Difco ™ (Difco Laboratories ، Sparks ، MD) 8 جم / لتر ، كلوريد الصوديوم 5 جم / لتر ، و 1.5 ٪ (وزن / حجم) ) أجار. سلالات المؤشر بكتريا قولونية K12- صف، بكتريا قولونية C6 (فاي) و شيغيلا سوني تم استخدام الشكل 17 لتقييم إنتاج البكتريوسين (توجد منطقة تثبيط النمو حول السلالة المختبرة ، إذا كانت سلالة المؤشر عرضة للبكتريوسين الناتج عن السلالة المختبرة). كل هذه السلالات كانت من مجموعتنا الداخلية من السلالات. تم تأكيد إنتاج البكتريوسين أيضًا بواسطة طرق تفاعل البوليميراز المتسلسل. التنميط الجراثيم وتحديد بكتريا قولونية تم فحص مجموعات phylogroups بواسطة طرق PCR باستخدام بادئات محددة للكشف عن جينات colicin و microcin (انظر الجدولين 1 و 2 للحصول على التفاصيل) والجينات الخاصة بكل منها بكتريا قولونية phylogroup [14]. إجمالاً ، 23 نوعًا فرديًا من كوليسين (كوليسين A ، B ، D ، E1-E9 ، Ia ، Ib ، Js ، K ، L ، M ، N ، S4 ، U ، Y ، 5/10) و 8 أنواع ميكروسين (mB17 ، mC7 ، mE492، mH47، mJ25، mL، mM، mV) في هذه الدراسة [15] انظر الملف الإضافي 1 للحصول على التفاصيل.

تم معالجة البيانات التي تم الحصول عليها إحصائيًا عن طريق الإحصاء الوصفي واختبار t غير المقترن واختبار فيشر الدقيق باستخدام برنامج Statistica. تم تقييم الفروق في الجراثيم ، وتولد القولون ، والتولد الدقيق بين المجموعات التي تم اختبارها عن طريق اختبار t غير المقترن (حيث تمت الإشارة إلى عدد الخزعات المأخوذة في كل مجموعة: 90 مقابل 90 مقابل 60). تم استخدام اختبار فيشر تي للتحقيق في الفروق في إنتاج كل بكتيريوسين بين المجموعات التي تم اختبارها (حيث تم الرجوع إلى عدد الأفراد في كل مجموعة: 30 مقابل 30 مقابل 20 وكانت الأرقام صغيرة).

جميع الأفراد المسجلين في الدراسة كانوا أشخاصًا بالغين. تم إبلاغ المشاركين بشكل كافٍ وتم الحصول على موافقة مستنيرة مكتوبة للمشاركة في الدراسة بما في ذلك الموافقة على البيانات والمعلومات التي سيتم نشرها بطريقة مجهولة من جميع الموضوعات المسجلين. تمت الموافقة على المشروع من قبل اللجنة الأخلاقية المشتركة (جامعة تشارلز في براها ، كلية الطب في هراديك كرالوف ومستشفى هراديك كرالوف الجامعي التعليمي). لجميع البيانات التي تم الحصول عليها ، تمت إزالة جميع معلومات التعريف الشخصية بما يتوافق مع القوانين التشيكية لحماية السرية.


في بعض الأحيان كنا نقوم بعلم الأنساب الجيني لفترة طويلة وننسى كيف يكون الأمر عندما تكون جديدًا. أتذكرني ، أحيانًا بروح الدعابة ، ببعض الأسئلة التي أتلقاها.

عندما أقوم بعمل تقارير الحمض النووي للعملاء ، يتلقى كل شخص نموذجًا لإكماله ببعض الأسئلة المصممة لمنحهم الفرصة لإخباري بأهداف الاختبار الخاصة بهم وطرح أي أسئلة قد تكون لديهم. سألت إحدى النساء ، "هل يمكن أن تخبرني عن مجموعتي النفسية؟"

اعتقدت أن المجموعة النفسية كانت مناسبة بشكل خاص لمجموعة من علماء الأنساب ، وخاصة علماء الأنساب الجيني ، لكنني قررت أنه من الأفضل أن أترك ذلك.

ثم كان هناك الشخص الذي أراد أن يعرف عن مجموعتهم الثلاثية الأبعاد. تساءلت عما إذا كنت بحاجة إلى نظارات ثلاثية الأبعاد لذلك.

تساءل شخص آخر عن مجموعة المساعدة الخاصة بهم. لا يسعني إلا التفكير في تقديم نفسي ، "مرحبًا ، اسمي روبرتا وأنا عضو في هابلوغروب ج." Kinda تعطي معنى جديدًا لـ "ما هي علامتك؟"

ثم كان هناك الشخص الذي على الرغم من أنه مرجع توراتي ، Holygroup وأراد معرفة كيفية ارتباطهم بأفراد الكتاب المقدس. حسنًا ، نحن نتحدث عن Y-line Adam و Mitochondrial Eve ، فلماذا لا يسأل أحد ذلك؟

المفضل لدي ، بالرغم من ذلك هو الشخص الذي أعطى سبب تركه لمشروع هابلوغروب ، "ليس غلوبو الخاص بي." مرحبًا ، على الأقل أدركوا ذلك ، على عكس الشخص الذي اتصل بي كعضو في KKK لاقتراحهم أنهم لا ينتمون إلى مشروع معين. لقد وجدت أن هذا أمر مضحك بشكل خاص ، بالنظر إلى مزيجي العرقي وتراثي وعائلتي.

لكن اليوم ، عندما سألني ابن عمي عما إذا كانت مجموعة هابلوغروب تتبع الحمض النووي للميتوكوندريا ، قررت أن الوقت قد حان للحديث عن ماهية مجموعة هابلوغروب ، وقليل من التاريخ ، ولماذا نستخدمها. وشانين شكرا على السؤال!

فكر في مجموعة هابلوغروب على أنها عشيرة أسلاف ، أو عائلة كبيرة ، مثل الكلت ، أو الفايكنج. ستكون هذه أكبر من قبائل الأمريكيين الأصليين ، وتضم أفرادًا من العديد من القبائل. هناك مجموعتان هابلوغرافيتان من الذكور الأمريكيين الأصليين تضم جميع الذكور الأمريكيين الأصليين. هناك عدد قليل من العشائر الأفريقية ، أو مجموعات هابلوغروب ، ولكن ليس الكثير.

هناك عشائر للكروموسوم Y ، والتي تم اختبارها بالطبع عن طريق اختبار Y DNA في Family Tree DNA وتتبع عمومًا لقب الأب لأعلى وأسفل الشجرة. ينتقل الحمض النووي Y من الأب إلى الابن ، فقط من خلال الكروموسوم Y الذي يمتلكه الذكور فقط.

هناك أيضًا عشائر للحمض النووي للميتوكوندريا ، تم اختبارها بواسطة اختبارات mtDNA في Family Tree DNA ، والتي تتبع خط الأم المباشر لشجرة عائلتك. هذا يعني والدتك ، والدتها ، والدتها ، وما إلى ذلك. المرأة تعطي الحمض النووي للميتوكوندريا لجميع ذريتهم ، ذكورًا وإناثًا ، ولكن الإناث فقط تنقله.

يمكنك رؤية خطوط Y- ، الأب (الأزرق) والميتوكوندريا ، الأم (الأحمر) ، على مخطط النسب أدناه.

توفر شركات مثل 23andMe ومشروع Geno 2.0 مجموعات هابلوغروب لكل من الحمض النووي لـ Y-line والحمض النووي للميتوكوندريا ، لكن لم يختبر أي منهما الطفرات الشخصية التي تسمح لك بمقارنة الطفرات الخاصة بك مع طفرات الأشخاص الآخرين لمطابقات الأنساب. تقوم اختبارات Y-line والميتوكوندريا المنتظمة في Family Tree DNA بفعل ذلك. بالإضافة إلى ذلك ، يوفر كلاهما أيضًا تصنيف هابلوغروب أو عشيرتك.

تولد مجموعة هابلوغروب جديدة عندما تحدث طفرة جديدة محددة للغاية. كل أحفاد سيحملون تلك الطفرة. هذه الطفرة تحدد هابلوغروب. لذلك إذا ولدت مجموعة هابلوغروب جديدة اليوم ، فلن نعرف أنها كانت مجموعة هابلوغروب إلا بعد مرور مئات أو آلاف السنين عندما نرى أن الكثير من الناس لديهم نفس الطفرة من فرد واحد. كما قد تتخيل ، تلاشت العديد من مجموعات هابلوغروب على مر العصور ، لكن بعضها كان ناجحًا للغاية كما يتضح من حقيقة أننا جميعًا هنا اليوم! ما يقرب من نصف الرجال الأوروبيين يحملون Y haplogroup R ، وتوجد مجموعة هابلوغروب الميتوكوندريا H في ما يقرب من 50 ٪ من جميع الأوروبيين - كلاهما ينحدر ، على التوالي ، من شخص واحد منذ عشرات الآلاف من السنين.

نظرًا لأن البشرية جمعاء ، ذكورًا وإناثًا ، نشأت في البداية من إفريقيا ، فقد تم العثور على مجموعات هابلوغر الأولى هناك. نظرًا لأن بعض الأشخاص انتقلوا بعيدًا وعبروا إلى آسيا وأوروبا ، فقد طوروا طفرات فريدة من نوعها من شأنها أن تؤدي إلى ظهور مجموعات هابلوغروب الأوروبية والآسيوية والأمريكية الأصلية التي نعرفها اليوم. هناك 4 مجموعات رئيسية ، أفريقية وأوروبية وآسيوية وأمريكية أصلية ، ولكن هناك عدة مجموعات فرعية داخل معظم تلك المجموعات الرئيسية ، باستثناء الأمريكيين الأصليين الذين لديهم مجموعتان هابلوغيتان من الذكور فقط.

لذا في جوهرها ، مجموعات هابلوغروبس هي مخطط نسب لعشائر البشرية. يعرض Family Tree DNA مخطط مجموعة haplogroup مع مجموعات haplogroups الرئيسية المعروضة على الصفحة الشخصية لكل شخص لـ Y-line DNA. تم تسميتهم ببساطة أبجديًا دون أي صلة بكلمة. لذا لا ، "أ" ليس "أ" لأنها أفريقية ، على الرغم من حدوث ذلك. N ليس أمريكيًا أصليًا. E ليس أوروبيًا. تحصل على الانجراف. أي تشابه هو محض مصادفة.

تظهر قبيلتك ، في هذا المثال ، مجموعة هابلوغروب I ، بسهم. كل عشيرة ، ذكورًا وإناثًا ، لها عشائر فرعية ، تُعرف غالبًا باسم subclades لـ Y DNA أو مجموعات فرعية للحمض النووي للميتوكوندريا. لمشاهدة المجموعات الفرعية المختلفة لـ I ، انقر فوق علامة التبويب وفويلا ، ها هي ، المجموعات الفرعية لـ haplogroup I. هي المجموعة الفرعية الخاصة بك هي الأقل على الشجرة الخضراء ، في هذه الحالة I2b1a1.

نظرًا للعدد الجديد الهائل من مجموعات هابلوغروبس المكتشفة مؤخرًا ، فإن الإصدارات المستقبلية من هابلوتري ستبتعد عن الأسماء المستندة إلى الحروف مثل I2b1a1 وستستخدم فقط الطرفية ، أو الفرع الأدنى ، SNP لتحديد مجموعة هابلوغروب. في هذه الحالة ، سيكون هذا هو L126 أو L137 اللذان يمثلان تعدد الأشكال المتكافئ. لذلك في المستقبل ، سيُطلق على هابلوغروب هذا الشخص اسم I-L126 بدلاً من I2b1a1 لأن L126 لن يتغير أبدًا ، ولكن الاسم I2b1a1 يتغير في كل مرة يتم اكتشاف مجموعة هابلوغروب جديدة منبع بين جذر مجموعة هابلوغروب I و I2b1a1 وتحتاج إلى إدراجها في مجموعتها. المكان المناسب في الشجرة.

عندما نتعلم المزيد عن المجموعات الفرعية ، كل واحدة لها قصتها الخاصة والتي تختلف إلى حد ما عن قصص المجموعات الفرعية الأخرى. بعضها واضح ، مثل التجمعات اليهودية ، والبعض الآخر ليس كثيرًا. تتضمن كل قصة عشيرة كيفية ظهور مجموعة هابلوغروب في مكانها الحالي. على سبيل المثال ، هابلوغروب إي أفريقية ، ولكن داخل هابلوغروب إي ، هناك قسمان رئيسيان بقصص مختلفة جدًا لعشائرهما. توجد مجموعة واحدة فقط في أفريقيا جنوب الصحراء الكبرى وواحدة توجد في الغالب في الشرق الأوسط وحوض البحر الأبيض المتوسط ​​وتُعرف بالعامية باسم مجموعة هابلوغ الأمازيغية. ما زلنا نتعلم عن المجموعات الفرعية ، ومع اختبار Geno 2.0 ، تنمو haplotree بشكل كبير.

يتوقع Family Tree DNA عشيرتك ، أو مجموعة هابلوغروب ، مع أي اختبار Y-DNA طالما أنك تتطابق تمامًا عند 12 علامة مع شخص تم اختبار SNP. اختبار SNP هو ما يختبر الطفرات الخاصة بتحديد هابلوغروب. إذا لم تكن متطابقًا ، فسيختبرون SNP لك مجانًا لتأسيس مجموعة هابلوغروب الأساسية الخاصة بك.

يشتري العديد من الأشخاص اختبارات SNP إضافية لتعريف مجموعة الفرد Y الخاصة بهم بشكل أكبر حتى يتمكنوا من التعرف على مكان وجود أسلافهم ومتى وماذا كانوا يفعلون. على سبيل المثال ، نعلم أن SNP M222 يعادل Niall من بين 9 رهائن في التاريخ. كم هو رائع أن تعرف!

قبل بضع سنوات ، قام الدكتور دوغ ماكدونالد بتجميع هذه الخريطة الرائعة لمجموعات هابلوغروبس الأساسية في العالم. على الرغم من أننا اكتشفنا مجموعات فرعية لكل مجموعة هابلوغرافية ، إلا أنها لا تزال صالحة تمامًا. تم تغيير اسم E3b منذ ذلك الحين إلى E1b1b و ExE3b يعني هابلوغروب E1b1a. RxR1 تعني haplogroup R باستثناء R1a و R1b التي لها أسطورة خاصة بها.

يحتوي الحمض النووي للميتوكوندريا أيضًا على مجموعات هابلوغروب ، وهي عشائر. في الرسم أدناه ، تحياتي للدكتور وايت آثي ، من الأسهل أن نرى كيف نشأت العشائر البنت وولدت وتم تسميتها. بسبب نمط التسمية ، يبدو هذا أقل شبهاً بمخطط النسب وأكثر قليلاً مثل النجوم والكواكب والأقمار.

يتمثل أحد الاختلافات بين عشائر الحمض النووي للخط Y وعشائر الحمض النووي للميتوكوندريا في أنه على الرغم من تسميتها جميعًا حاليًا أبجديًا ، إلا أن عشائر الميتوكوندريا لها أسماء. هذا بفضل الدكتور برايان سايكس الذي كتب كتاب "بنات حواء السبع" الذي نُشر في عام 2001. على سبيل المثال ، أطلق على هابلوغروب إتش اسم هيلينا لأن هيلينا هي كلمة يونانية تعني النور. أخبر قصصًا دقيقة إلى حد ما عن كل عشيرة ، وعلى الرغم من أنه مؤرخ علميًا الآن ، فقد وصف الحياة التي كانت ستعيشها كل عشيرة في أوروبا ما بعد الجليدية. كان هذا الكتاب أول كتاب عن الحمض النووي يصل إلى جمهور القراء ، وحقق نجاحًا كبيرًا لأنه جعل العلم إنسانيًا ويمكن للإنسان العادي أن يتنفس الهواء. طلبت أول اختبار للحمض النووي للميتوكوندريا من خلال شركته وتلقيت صفحة واحدة بنجمة ذهبية من مدرسة الأحد على النقطة الحمراء لمجموعة هابلوغروب J.

شعرت بسعادة غامرة في ذلك الوقت ، لكن الزمن تغير كثيرًا. نظرًا للتطورات في البحث وتحديد الفروع الفرعية الجديدة ، ويرجع الفضل في ذلك إلى حد كبير إلى العلماء المواطنين مثلك ، فأنا أعلم الآن أنني هابلوغروب J1c2f كنتيجة لاختبار الحمض النووي للميتوكوندريا الخاص بي للتسلسل الكامل.

على عكس Y-line DNA ، لا يلزم إجراء اختبار SNP إضافي لتحديد مجموعة هابلوغروب الحمض النووي للميتوكوندريا بشكل كامل. عند إجراء اختبار تسلسل الميتوكوندريا الكامل (mtFullSequence) في Family Tree DNA ، فإنك تتلقى تصنيف هابلوغروب الكامل الأكثر تفصيلاً الخاص بك تلقائيًا. مع اختبارات HVR1 (mtDNA) و HVR2 (mtDNAPlus) ، تتلقى على الأقل مجموعة هابلوغروب الأساسية الخاصة بك. التسلسل الكامل مطلوب لتحديد مجموعة هابلوغروبك الكاملة.

لوضع هذا في المنظور ، فكر في الحمض النووي للميتوكوندريا كوجه ساعة. هناك إجمالي 16،569 موقعًا في الحمض النووي للميتوكوندريا. يختبر اختبار HVR1 عدد المواقع من الساعة 11:55 حتى الظهر ويختبر اختبار HVR2 عدد المواقع بين الظهر والساعة 12:05 مساءً. اختبار التسلسل الكامل يختبر الباقي ، ميزان 50 دقيقة للساعة.

Family Tree DNA هي شركة الاختبارات التجارية الوحيدة التي تقدم اختبار التسلسل الكامل.

As more discoveries are made for both male and female haplogroups, the subgroup names sometimes change within the clan or main haplogroup because new branches get inserted in the tree as they are discovered.

For example, from a scientific paper, here’s an early version of the haplogroup H mitochondrial phylotree which is what the haplotree is called for mitochondrial DNA.

You wouldn’t even be able to see today’s version, because the print would have to be miniscule to fit it on the page. In Dr. Behar’s paper, “A ‘Copernican’ Reassessment of the Human Mitochondrial DNA Tree from its Root” published in April 2012, the supplemental material records haplogroup H87. Most of those subgroups have subgroups of their own, like you can see above, and those that don’t today soon will as new discoveries are made.

Now that you know what a haplogroup is, there’s a lot you can do with both mitochondrial and Y-line DNA results.

Even if you do nothing more, it’s fun to identify your clan. It’s the only way of extending our genealogy back in time beyond surnames. For me, to connect my last known maternal ancestor, Elisabetha Mehlheimer, born in or near Goppsmannbuhl, Germany around 1800 to the cave paintings in Chauvet, France created about 12,000 years ago was a magical moment, a reach across time through a tenuous umbilical strand allowing me to identify and touch my 12,000 year-old ancestor. In my wildest genealogist dreams, I never dreamed this could or would ever be possible and indeed, it wouldn’t be, were it not for the genetic genealogy tools we have today.

I receive a small contribution when you click on some of the links to vendors in my articles. This does NOT increase the price you pay but helps me to keep the lights on and this informational blog free for everyone. Please click on the links in the articles or to the vendors below if you are purchasing products or DNA testing.


نتائج

Mycobiont Phylogeny and Species Delimitation

Based on the BP&P species validation method, section Chloropeltigera comprised eight well-supported lineages (i.e., speciation posterior probability 𢙐.95), which might represent species (Figure ​ (Figure1). 1 ). P. leucophlebia سينسو لاتو was recovered as non-monophyletic because it comprised P. latiloba (Figure ​ (Figure1 1 and Supplementary Figure S1). Most analyses split P. leucophlebia s. ل. (Figure ​ (Figure1) 1 ) into five to six distinct lineages. However, a few conflicts were observed between the species delimitation schemes inferred with the discovery methods and their validation with BP&P (e.g., the split between P. leucophlebia 3 and P. leucophlebia 4). Newly delimited lineages within P. leucophlebia s. ل. were well supported (bootstrap values above 75%), except for the monophyly of P. leucophlebia 2, which received a bootstrap support of 54% (Figure ​ (Figure1 1 and Supplementary Figure S1). The monophyly of P. latiloba was recovered with bootstrap support of 67% and was nested inside P. leucophlebia s. ل. (Figure ​ (Figure1 1 and Supplementary Figure S1). Four of the discovery analyses split this species into two distinct lineages, i.e., specimen P6080 represents one lineage distinguishable from the remaining individuals that form a well-supported clade. However, BP&P merged these two lineages into one (pp = 0.96 Figure ​ Figure1). 1 ). The bGMYC analysis performed on the ITS matrix for sections Chloropeltigera و Peltidea (combined) delimited the same species as the BP&P analysis restricted to section Chloropeltigera (result not shown).

Maximum likelihood phylogeny of Peltigera section Chloropeltigera (mycobiont) based on six combined loci. Species were delimited by implementing discovery (PTP and bGMYC) and validation (BP&P) methods on 42 specimens from section Chloropeltigera. ممثلي الاقسام Phlebia و Peltidea were used as outgroup (Magain et al., 2017a). Numbers above branches are bootstrap proportions and thick branches represent nodes with bootstrap values �%. Gray bars represent species delimitation scheme inferred by each method. Boxes indicate species delimitation based on BP&P. Arrows indicate the three putative cryptic clades within P. leucophlebia س. اللات. reported in O𠆛rien et al. (2009).

Photobiont Identity

Eighty Nostoc rbcLX sequences, obtained from the three sections of the genus Peltigera with trimembered lichens, clustered in 12 monophyletic groups (Nostoc phylogroups) in the ML tree (Figure ​ (Figure2), 2 ), following phylogroups designation المعنى Magain et al. (2017a). Seven of these phylogroups had strong bootstrap support (�% Figure ​ Figure2). 2 ). Two of these phylogroups (III and IV) are part of Nostoc clade 2 subclade 2 المعنى Otálora et al. (2010), while the remaining phylogroups belong to Nostoc clade 2 subclade 3 (Figure ​ (Figure2). 2 ). Three sequences that could not be assigned to any known phylogroup (i.e., phylogenetically placed outside existing and newly defined phylogroups) were labeled using an rbcLX unique haplotype number (Supplementary Table S1).

Nostoc rbcLX maximum likelihood phylogeny. Clades highlighted with colors on the complete tree, without tip labels, on the left, correspond to the phylogroups associated with Peltigera species included in this study. Detailed tip labels are shown on the clades on the right. Top left Roman numerals correspond to the Nostoc phylogroup numbering system initiated by O𠆛rien et al. (2013) and further developed by Magain et al. (2017a). Tip label names correspond to the mycobiont forming the thallus within which the Nostoc strain was sequenced. Names in bold correspond to the sequences generated in this study. Thick branches represent bootstrap support �%.

The ITS phylogeny for Coccomyxa (Figure ​ (Figure3) 3 ) revealed the same major clades and all species-level phylogenetic relationships reported by Malavasi et al. (2016). Newly added sequences from trimembered Peltigera species fell inside two strongly supported species: C. solorinae و C. subellipsoidea. The latter clade comprises photobionts associated with lichen-forming fungi from both Ascomycota and Basidiomycota phyla, whereas C. solorinae has been found only in association with Ascomycota fungi (Figure ​ (Figure3 3 ).

Coccomyxa ITS maximum likelihood phylogeny. Thick branches represent �% bootstrap support. Labeled clades correspond to species delimited by Malavasi et al. (2016). Clades highlighted with colors correspond to species found in association with trimembered Peltigera species. Names in bold correspond to the sequences generated for this study and refer to the mycobionts forming the thalli containing the green alga (phycobiont) Coccomyxa. Open circles, Ascomycota mycobiont Closed circles, Basidiomycota mycobiont.

Symbiotic Specificity and Geographic Patterns

Peltigera species from section Chloropeltigera were found in association with nine Nostoc phylogroups, each species associating with up to seven phylogroups (no data were available for P. nigripunctata s. شارع.) (Figure ​ (Figure4). 4 ). Species in section Peltidea were found in association with four phylogroups, each species associating with no more than two phylogroups. The cyanobiont from the only individual of P. venosa (الجزء Phlebia) studied by us was identified as a rare Nostoc phylogroup (XLIV). Phylogroups (III and IV) from Nostoc clade 2 subclade 2 (Figure ​ (Figure2) 2 ) are associated exclusively with Peltigera species from section Peltidea, whereas phylogroups from Nostoc clade 2 subclade 3 were found in association with species from all three sections (Chloropeltigera, Phlebia و Peltidea).

Unrooted maximum likelihood phylogenetic relationships among the three Peltigera sections that include trimembered thalli. Thick branches represent �% bootstrap support. Bars on the right indicate the proportion of Peltigera specimens associating with Nostoc phylogroups, Coccomyxa species, and inhabiting various geographic regions. Only specimens with sequence data from at least one photobiont were considered when calculating these proportions. We divided the distribution ranges of our samples into ten broad geographic regions based on latitudinal, oceanic and orographic conditions: Alaska (ALA), Alberta (ALB), Arctic (ARC), Central Europe (CE), Eastern North America (ENA), Mid-Western North America (MWNA), Northern Europe (NE), Pacific North West (PNW), Russia (RUS), and South East Asia (SEA). The Assigned regions for each specimen are listed in Supplementary Table S1. N, Sample size N/A, Not applicable.

على حد سواء Coccomyxa solorinae و C. subellipsoidea were present in all three Peltigera sections without any obvious patterns of specificity toward a single fungus or cyanobiont (Figure ​ (Figure4). 4 ). However, some mycobiont species showed preference for one of the two Coccomyxa species, e.g., P. leucophlebia 3 was always found with C. subellipsoidea، بينما P. leucophlebia 6 was found with C. solorinae.

بشكل عام، Peltigera species within these three sections, and their Nostoc phylogroups, have wide geographic distributions, except P. chionophila و P. nigripunctata s. شارع. 1 which are restricted to the Pacific North West (PNW) and South East Asia (SEA), respectively (Figure ​ (Figure4 4 and Supplementary Table S1). Coccomyxa solorinae was present in every sampled region whereas C. subellipsoidea was only found in North America (Supplementary Table S1).

Proportion of Sexual vs. Asexual Reproduction

A significant positive correlation (ص < 0.05) was found between the proportion of specimens with apothecia and ITS haplotype diversity (ح) in species from sections Chloropeltigera و Peltidea (Figure ​ (Figure5B). 5B ). There were twice as many ITS haplotypes in section Chloropeltigera as in section Peltidea when accounting for sample sizes (Figure ​ (Figure5C). 5C ). The proportion of specimens with apothecia in section Chloropeltigera (0.39) was nearly twice as large as for section Peltidea (0.21 Figure ​ Figure5D). 5 د). In general, species from section Chloropeltigera showed higher ITS haplotype diversity and higher proportion of specimens with sexual structures (apothecia) than most species from section Peltidea (Figure ​ (Figure5B 5B ).

Assessment of specificity and reproductive mode in sections Chloropeltigera و Peltidea. (أ) Rarefaction curve showing the distribution of the number of Nostoc phylogroups as a function of the number of samples per section. Shaded areas represent the 95% confidence intervals. (ب) Correlation between ITS haplotype diversity and frequency of occurrence of apothecia. Each square represents a species. Only species with more than 20 specimens were considered for this analysis. Correlation test ص < 0.05 ص 2 = 0.5554. (ج) Rarefaction curve showing the distribution of the number if ITS haplotypes as a function of the number of samples per section. Shaded areas represent the 95% confidence intervals. (د) Frequencies of specimens with apothecia in sections Chloropeltigera و Peltidea.


Shared Flashcard Set

Setae extending from Parapodia. Water regulation and excretion by Metanephridia out nephridiopores.

Ganglia coordinate locomotion hydrostatic skeleton with longitudinal and circular muscles. Closed Circulatory system[image]

Errant: sensory organs, parapodia with prominent setae all needed to be ACTIVE PREDATORS

Sedentary: (think sediment) only have shadow reflex, filter feed, reduced setae, many protect themselves in tubes or shells: such as the SPIROBIS species[image][image]

3 characteristics of Leeches.

Saliva contains 3 things: anasthetic, capillary dilator, anti-coagulant.

Hirudinea, a Clitellata subclade.

Echiura is closest (spoon/Fat Innkeeper Worm)

How do earthworms reproduce?

Where can you find a spoon worm around here?

Resemble colonial hydrozoan cnidarians, but have lophophore.

Have a CALCAREOUS or PROTEINACEOUS exoskeleton with closable OPERCULUM.

Reproduce via sexual zooids.[image]

Look a lot like bivalves, but w/o the same symmetry. They attach to substrate w/ pedicel.



تعليقات:

  1. Palmere

    في ذلك شيء ما. شكرا على الشرح.

  2. Talo

    أنا أقبل ذلك بسرور. السؤال مثير للاهتمام ، سأشارك أيضًا في المناقشة. أعلم أنه معا يمكننا الوصول إلى الإجابة الصحيحة.

  3. Oran

    قرأت الكثير عن هذا الموضوع اليوم.

  4. Huey

    أهنئ ، هذا الفكر الرائع يجب أن يكون على وجه التحديد عن قصد

  5. Waer

    لم تكن مخطئا

  6. Cagney

    في الأسرة ، كل من الزوج والزوجة متساوين في الحقوق ، وخاصة الزوجة. قبل أن تتواصل الحليب الوقت لمغادرة المنصة ، صعد رئيس المزرعة الجماعية على الفور إلى الشمبانيا في المنزل: الفودكا إلى همسة زوجته. أنا أوه؟ إيفا.



اكتب رسالة